单位收取内部员工公租房抵押金是否合法，需分情况讨论：
- 若公租房为政策性住房，单位收取抵押金通常不合法
政策性公租房是由政府提供政策支持，限定建设标准和租金水平，面向符合规定条件的城镇中等偏下收入住房困难家庭、新就业无房职工和在城镇稳定就业的外来务工人员出租的保障性住房。根据相关政策规定，公租房的承租人只需按照约定支付租金，无需支付额外的抵押金。因此，如果单位收取的公租房属于政策性住房，那么单位收取抵押金的行为可能违反了相关政策规定，不具有合法性。
若公租房为单位自有或租赁后转租，收取抵押金需看合同约定及法律规定
- 合同有约定且合法：如果公租房是单位自有或租赁后转租给员工的，且单位与员工在租赁合同中明确约定了收取抵押金的相关条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么单位收取抵押金的行为可能是合法的。但需要注意的是，抵押金的数额应当合理，且单位在租赁期满或合同解除后应当及时退还抵押金。
- 合同无约定或约定违法：如果租赁合同中没有约定收取抵押金，或者约定的抵押金条款违反了法律、行政法规的强制性规定（如抵押金数额过高、不退还等），那么单位收取抵押金的行为就是违法的。员工有权拒绝支付，并可以向相关部门投诉或寻求法律帮助。
特殊情况下的合法性考量
在某些特殊情况下，如单位为了保障公租房的正常使用和维护，确实需要收取一定数额的抵押金，且该抵押金数额合理、用途明确，并在租赁合同中进行了明确约定，同时单位能够提供相应的管理和服务措施来确保抵押金的合理使用和退还，那么这种收取抵押金的行为可能在一定程度上具有合法性。但这种情况较为特殊，需要具体分析。
法律建议：
- 对于员工：如果单位要求支付公租房抵押金，员工应首先查看租赁合同中的相关条款，了解抵押金的数额、用途和退还条件等。如果合同中没有约定或约定违法，员工有权拒绝支付，并可以向单位提出异议或向相关部门投诉。如果合同中有约定且合法，员工应确保按照约定支付抵押金，并保留好相关凭证，以便在租赁期满或合同解除后要求单位退还。
- 对于单位：单位在收取公租房抵押金时，应确保租赁合同中的相关条款合法有效，并明确抵押金的数额、用途和退还条件等。同时，单位应建立健全的管理制度和服务措施，确保抵押金的合理使用和退还，避免引发不必要的法律纠纷。
可能后果：
- 如果单位违法收取抵押金，员工有权要求单位退还，并可以向相关部门投诉或寻求法律帮助。单位可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
- 如果员工拒绝支付合法的抵押金，单位有权根据租赁合同的约定采取相应的措施，如解除租赁合同、要求员工承担违约责任等。
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