店铺无证经营主要由市场监督管理部门（原工商行政管理部门）负责监管和处理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、监管部门及职责
市场监督管理部门：
- 市场监督管理部门是负责市场监管和行政执法的政府部门，对无证经营行为具有直接的监管和处罚权。
- 当发现店铺存在无证经营行为时，市场监督管理部门有权进行调查、取证，并根据相关法律法规对违法行为人进行处罚。
其他相关部门：
- 在某些特定情况下，如涉及食品安全、公共卫生等领域，卫生健康、食品药品监管等部门也可能参与监管。
- 但总体来说，市场监督管理部门是处理无证经营行为的主要部门。
二、无证经营的法律后果
行政处罚：
- 根据《无证无照经营查处办法》等相关法律法规，无证经营行为可能面临罚款、没收违法所得、责令停止经营活动等行政处罚。
- 处罚的力度和具体措施会根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素进行综合考量。
刑事责任：
- 在某些严重情况下，如无证经营行为涉及非法经营罪等刑事犯罪，违法行为人还可能面临刑事追究。
- 这通常发生在无证经营行为严重扰乱市场秩序、造成重大损失或危害公共安全等情形下。
三、处理流程与建议
发现无证经营行为：
- 消费者、竞争对手或其他相关方在发现店铺存在无证经营行为时，可以向当地市场监督管理部门进行举报。
- 举报时，应提供尽可能详细的线索和证据，以便监管部门进行调查和处理。
监管部门调查与处理：
- 市场监督管理部门在接到举报后，会进行调查和取证工作。
- 如果确认存在无证经营行为，监管部门会依法对违法行为人进行处罚，并责令其停止经营活动。
对经营者的建议：
- 作为店铺经营者，应严格遵守相关法律法规，确保在取得合法经营资质后再开展经营活动。
- 如果因特殊原因暂时无法取得相关证件，应及时向监管部门说明情况，并积极配合监管部门的指导和要求，尽快完善相关手续。
对消费者的建议：
- 消费者在购物或接受服务时，应注意查看店铺是否具备合法经营资质。
- 如果发现店铺存在无证经营行为，应及时向监管部门举报，以维护自身权益和市场秩序。
总结来说，店铺无证经营主要由市场监督管理部门负责监管和处理。经营者应严格遵守相关法律法规，确保合法经营；消费者也应积极维护自身权益，及时举报无证经营行为。如果你在店铺经营或消费过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。