关于公司通过民主程序对员工进行罚款是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的法律议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、一般情况下的不合法性
法律依据的缺失：
- 自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未明确赋予公司对员工进行罚款的权力。这意味着，除非有特定的法律条款或规定支持，否则公司对员工罚款的行为通常被视为不合法。
公司规章制度的合法性要求：
- 根据《劳动合同法》，公司在制定涉及员工切身利益的规章制度时，必须经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表进行平等协商确定。如果公司未经此民主程序就制定包含罚款内容的规章制度，那么该规章制度是不合法的，依据其进行的罚款也是不合法的。
- 此外，即使规章制度经过了民主程序，如果其中的罚款规定违反了法律、法规的强制性规定（如罚款数额过高，严重影响了员工的基本生活），那么这些规定也是无效的。
二、特殊情况下的合法性
- 赔偿经济损失的情况：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果员工因本人原因给公司造成了经济损失，公司有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。在这种情况下，公司可以从员工的工资中扣除相应的赔偿金额，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的月最低工资标准。
- 需要注意的是，这种情况下的扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质是不同的。它有明确的扣除比例和底线限制，以确保员工的合法权益不受侵害。
三、员工权益的保护
- 如果员工认为公司的罚款行为不合法，首先可以尝试与公司进行协商解决。如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与建议：
- 公司对员工罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况和法律规定来判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款的权力，且公司规章制度的制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。
- 然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。但公司必须确保这一行为符合法律规定的程序和限额。
- 对于公司而言，建议加强内部管理，通过培训、教育等方式预防员工违规行为的发生，而不是依赖罚款等惩罚性措施。同时，公司在制定规章制度时，应确保程序的合法性和内容的合理性，以维护良好的劳动关系和员工的合法权益。