结论：项目完工八年后甲方请第三方审计后要扣款是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及合同约定、审计程序合法性及扣款理由合理性等因素。以下从不同角度详细分析：

一、合同约定角度

1. 合同中有明确约定：如果建设工程合同中明确约定了甲方有权在项目完工后一定期限内（包括八年）委托第三方进行审计，并根据审计结果进行扣款，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么甲方的行为是合法的。此时，应重点关注合同中关于审计期限、审计机构选择、扣款条件及程序等具体条款。
2. 合同中无明确约定：若合同中未明确约定甲方有权在项目完工八年后进行审计并扣款，那么甲方的行为可能缺乏合同依据。在此情况下，甲方单方面要求扣款可能构成违约，乙方有权拒绝并寻求法律救济。

二、审计程序合法性角度

1. 审计机构选择合法：甲方选择的第三方审计机构应具备相应的资质和信誉，且审计过程应遵循相关法律法规和审计准则。如果审计机构选择不当或审计过程存在违法违规行为，可能导致审计结果无效，进而影响甲方扣款的合法性。
2. 审计结果公正合理：审计结果应客观、公正地反映项目的实际情况，包括工程量、造价等关键指标。如果审计结果存在明显错误或不合理之处，乙方有权提出异议并要求重新审计或调整扣款金额。

三、扣款理由合理性角度

1. 扣款理由充分：甲方要求扣款应有充分、合理的理由，如乙方存在违约行为、工程质量问题或工程量计算错误等。如果甲方无法提供充分证据支持其扣款理由，那么其扣款行为可能缺乏合理性，乙方有权拒绝。
2. 扣款金额合理：即使甲方有合法的扣款理由，扣款金额也应合理、适度。如果扣款金额过高或过低，都可能引发争议。在此情况下，双方应协商确定合理的扣款金额，或寻求第三方机构进行评估和调解。

四、法律后果及建议

1. 法律后果：如果甲方的扣款行为缺乏合同依据、审计程序不合法或扣款理由不合理，乙方有权拒绝扣款并寻求法律救济。这可能包括提起诉讼或申请仲裁等法律程序，要求甲方承担违约责任或赔偿损失。
2. 建议：针对此类情况，建议乙方首先仔细审查合同条款，了解甲方是否有权进行审计并扣款；其次，关注审计程序的合法性和审计结果的公正性；最后，如果甲方要求扣款且乙方认为不合理，应及时与甲方沟通协商，必要时寻求法律帮助以维护自身权益。

总结：项目完工八年后甲方请第三方审计后要扣款是否合法，需根据合同约定、审计程序合法性及扣款理由合理性等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。