结论：被保险人与机动车关系填写为“所有”，但并非行驶证登记的车主，这种情况在保险理赔中可能产生一定影响，但具体影响程度需结合实际情况判断，以下分情况详细说明：
保险合同效力层面
保险合同以“被保险人对保险标的具有保险利益”为生效前提。根据《保险法》第十二条，财产保险的保险利益需为“法律上承认的利益”。若您是车辆的实际所有人（如通过买卖合同已支付对价并实际占有车辆，但未办理过户），即使未登记为行驶证车主，仍可能被认定为具有保险利益，保险合同有效。但需注意：若车辆存在权属争议（如未过户的二手车），可能影响理赔时保险公司对“保险利益”的认定。
理赔流程层面
- 事故责任认定：交警出具的事故责任认定书以行驶证登记车主为准，但若您能证明实际所有权（如购车合同、付款凭证、车辆使用记录等），通常不影响责任划分。
- 保险公司审核：理赔时，保险公司可能要求您提供车辆权属证明（如购车发票、完税证明、实际使用证据等）。若无法证明实际所有权，保险公司可能以“被保险人与保险标的不具保险利益”为由拒赔。
- 特殊情形：若车辆为租赁、借用或挂靠关系，需根据具体合同约定判断保险利益归属，此时“所有”关系的填写可能与实际法律关系不符，引发理赔纠纷。
法律风险防范建议
- 完善权属证明：保留购车合同、付款记录、车辆保养记录等证据，证明实际所有权。
- 及时过户：若车辆已交易，尽快办理过户手续，确保行驶证车主与实际所有人一致。
- 如实告知义务：投保时若车辆权属存在特殊情况（如未过户、挂靠等），应主动向保险公司说明，避免因“未如实告知”影响理赔。
- 合同条款审查：仔细阅读保险合同中“被保险人”的定义，确认是否包含“实际使用人”或“管理人”等表述，以扩大保险利益覆盖范围。
总结：若您是车辆实际所有人，但未登记为行驶证车主，建议通过补充权属证明、及时过户等方式降低风险。若已发生保险纠纷，可结合具体证据主张保险利益，必要时通过法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。