关于博士延毕时三方协议是否还有效的问题，这主要取决于三方协议中的具体条款以及延毕的具体情况，以下分情况讨论：
若三方协议中明确规定了毕业时间的条款，且延毕导致无法按照原定时间毕业：
- 在这种情况下，如果延毕是由于学生个人原因（如未完成学业要求、违反校规等）导致的，且三方协议中明确约定了因个人原因导致无法按时毕业时协议的效力问题（如自动失效、需重新协商等），则应按照协议中的约定来处理。
- 如果协议中没有明确约定，但延毕确实导致了无法按照原定时间履行协议中的义务（如入职时间等），那么根据《民法典》中关于合同履行的原则，双方可能需要重新协商协议的履行方式或期限，或者根据实际情况解除协议。
若三方协议中未明确规定毕业时间的条款，或延毕并非由于学生个人原因导致：
- 如果协议中没有明确规定毕业时间，或者延毕是由于学校原因（如教学安排调整、论文答辩延迟等）或不可抗力因素（如自然灾害、疫情等）导致的，那么三方协议的效力通常不会因延毕而自动失效。
- 在这种情况下，学生应及时与用人单位和学校沟通，说明延毕的原因和预计的毕业时间，以便三方协商调整协议的履行计划或签订补充协议。
关于三方协议的一般法律原则：
- 三方协议是毕业生、用人单位和学校三方之间签订的就业意向协议，具有法律效力。它约定了毕业生毕业后到用人单位工作的相关事宜，包括入职时间、岗位、薪酬等。
- 根据《民法典》的相关规定，合同一旦成立并生效，双方应按照约定履行自己的义务。如果一方不履行或履行不符合约定，应承担违约责任。
- 因此，在博士延毕的情况下，如果三方协议仍然有效，学生应继续履行协议中的义务（如按时毕业、入职等），或者与用人单位和学校协商调整协议的履行方式。
建议：
- 如果你面临博士延毕的情况，建议首先仔细阅读三方协议中的条款，特别是关于毕业时间、协议效力以及违约责任等方面的约定。
- 及时与用人单位和学校沟通，说明延毕的原因和预计的毕业时间，以便三方协商调整协议的履行计划或签订补充协议。
- 如果因延毕导致无法履行协议中的义务，且无法与用人单位和学校达成一致意见，建议咨询专业律师以了解自己的法律权益和可能的法律后果。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。