私自更换摩托车发动机属于违法行为，会面临行政处罚，但一般不会直接扣分，不过若因此产生其他交通违法行为则可能扣分。具体分析如下：
行政处罚层面：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条的规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。摩托车发动机作为机动车的核心部件，私自更换显然属于擅自改变机动车已登记的结构、构造，因此是违法的。
- 对于此类违法行为，公安机关交通管理部门有权责令恢复原状，并处以警告或者罚款。罚款的数额通常根据违法情节的严重程度以及地方性法规的具体规定来确定，一般在二百元以上二千元以下。
扣分层面：
- 私自更换摩托车发动机本身并不直接导致驾驶证扣分。扣分通常与驾驶过程中的交通违法行为相关，如超速、闯红灯、不按规定车道行驶等。
- 然而，如果私自更换发动机后，摩托车的技术性能发生了变化，导致驾驶过程中出现其他交通违法行为（如因发动机功率过大导致超速），那么这些违法行为将会被扣分。
建议：
- 如果你已经私自更换了摩托车发动机，建议尽快到公安机关交通管理部门进行备案，并恢复原状或者按照相关规定进行变更登记，以避免不必要的法律风险和处罚。
- 在未来的使用过程中，务必遵守交通法规，确保摩托车的安全性能符合标准，以保障自己和他人的生命财产安全。
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