结论上讲，对方来函并不一定要回复，但具体是否回复需结合来函内容、双方关系及合同条款等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、从合同义务角度分析
合同有明确约定：
- 如果双方签订的合同中明确规定了收到对方来函后必须在一定期限内回复，那么回复来函就成为了你的合同义务。在这种情况下，不回复可能构成违约，对方有权依据合同约定追究你的违约责任，如要求支付违约金、赔偿损失等。
- 示例：合同中约定“任何一方收到对方书面通知后，应在3个工作日内书面回复，否则视为认可通知内容”。若你未在规定时间内回复，就可能被视为认可了对方通知中的内容，从而承担相应的法律后果。
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确规定回复来函的义务，那么回复来函就不是你的法定义务。此时，你是否回复来函可以基于自身判断和实际情况决定。
二、从商业合作角度分析
维护合作关系：
- 在商业合作中，良好的沟通是维护合作关系的基础。如果对方来函涉及合作中的重要事项，如合同履行情况、变更合作内容等，及时回复可以表明你对合作的重视和积极态度，有助于维护双方的合作关系。
- 示例：对方来函询问合同履行进度，你及时回复并提供详细信息，可以让对方感受到你的专业和诚信，从而增强合作信心。
避免误解和纠纷：
- 不回复来函可能导致对方对合作事项产生误解，进而引发纠纷。例如，对方来函提出变更合作内容，你未回复，对方可能认为你默认同意变更，而实际上你可能并不同意。这种情况下，双方就可能因理解不一致而产生纠纷。
- 建议：即使你不同意对方来函中的内容，也应及时回复并说明理由，以避免不必要的误解和纠纷。
三、从法律风险角度分析
可能承担不利后果：
- 在某些情况下，不回复来函可能使你承担不利后果。例如，对方来函提出解除合同，你未回复，对方可能依据相关法律规定或合同约定认为你默认同意解除合同，从而采取进一步行动（如要求你承担违约责任、赔偿损失等）。
- 应对：如果你收到对方来函后不确定如何回复或需要时间考虑，可以及时与对方沟通并说明情况，避免对方因误解而采取不利行动。
保留证据的重要性：
- 无论你是否回复来函，都应注意保留相关证据（如来函原件、回复函件、沟通记录等）。这些证据在后续可能发生的纠纷中可能起到关键作用，有助于证明你的立场和主张。
综合建议：在收到对方来函后，建议你首先仔细阅读来函内容，了解对方的具体要求和意图。然后，结合合同条款、双方关系及实际情况等因素综合判断是否需要回复。如果需要回复，应及时、准确地回复并保留相关证据；如果不需要回复或不确定如何回复，可以及时与对方沟通并说明情况。如果你在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。