股东会决议中，法人股东应加盖公章，而不仅仅是代理人签字。以下从多个角度为你详细分析：

法律要求层面

根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规的规定，公司股东会决议是公司治理中的重要文件，需符合法定形式要件。对于法人股东而言，由于其本身不具备自然人的签字能力，必须通过加盖公章来体现其意志。这是法律对法人股东意思表示确认方式的特殊规定，旨在保障交易安全和法人制度的严肃性。

效力认定标准层面

在司法实践中，法院明确将“盖章”作为判断法人股东真实意思表示的核心依据。若仅由法定代表人或代理人签字而未加盖公章，该决议可能因不符合法定形式而被认定为无效。例如，在某起公司纠纷案件中，股东会决议上仅有法人股东的代理人签字，未加盖公章，法院最终以决议形式不合法为由，驳回了相关诉求。因此，为了确保股东会决议的法律效力，法人股东必须加盖公章。

操作规范建议层面

为确保决议的有效性，建议采取“公章+签字”的双重确认模式：

1. 先由法定代表人或授权代表签署姓名：这可以明确具体负责签署决议的人员身份，增强决议的可追溯性。
2. 再加盖法人公章：公章是法人意志的象征，加盖公章可以进一步确认法人股东对决议内容的认可。
3. 留存完整的授权委托文件：如果签字人是授权代表，必须留存完整的授权委托文件，证明签字人具有合法代理权限。这样可以避免因代理权限问题导致的决议效力争议。

特殊情况处理层面

1. 公章遗失或损毁：如果法人股东的公章遗失或损毁，应立即办理挂失补办手续。在此期间，可凭公安机关证明文件使用临时替代印章，但需同步完成正式公章的恢复程序。同时，应及时通知公司及其他股东，避免因公章问题影响决议的效力。
2. 分支机构参与决策：如果分公司等非法人组织参与股东会，除加盖上级法人公章外，还需提供明确的书面授权文件，证明其决策权限范围。这是因为分支机构本身不具备独立的法人资格，其决策行为需要得到上级法人的授权。

总结来说，股东会决议中法人股东加盖公章是法律要求，也是保障决议效力的关键。在实际操作中，应遵循“公章+签字”的双重确认模式，并留存好相关授权文件。如果遇到特殊情况，如公章遗失或分支机构参与决策，应及时采取相应的处理措施。如果你还有其他关于公司法务的问题，欢迎直接向我咨询。