核心结论：有结婚证但因拒绝做亲子鉴定导致孩子无法落户的，可通过协商、行政申诉或诉讼途径解决，具体需结合实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

一、政策依据与落户要求

根据《中华人民共和国户口登记条例》及各地户籍管理规定，新生儿落户通常需提供出生医学证明、父母结婚证、父母户口簿等材料。若出生医学证明未记载父亲信息，或父母信息与实际不符，部分地区会要求补充亲子鉴定证明以确认亲子关系。这是为了防止冒用身份、非法落户等情形，保障户籍管理的严肃性。

二、拒绝做亲子鉴定的原因与应对

若一方拒绝做亲子鉴定，需先明确拒绝原因：

1. 对亲子关系无争议但拒绝配合：
   若父母双方对亲子关系无异议，但一方因隐私、费用等原因拒绝鉴定，可尝试与户籍部门沟通，提供其他辅助证明（如孕期产检记录、分娩记录、共同生活照片等），证明亲子关系的真实性。部分地区在材料充分的情况下，可能放宽对亲子鉴定的要求。

2. 对亲子关系存在争议：
   若一方怀疑孩子非亲生而拒绝鉴定，另一方可先通过协商或调解（如社区、妇联介入）化解矛盾。若协商无果，可通过诉讼途径确认亲子关系：

   • 根据《民法典》第1073条，对亲子关系有异议的，可向法院提起诉讼，请求确认或否认亲子关系。
     
   • 法院受理后，若一方拒绝做亲子鉴定且无其他证据，法院可能依据《最高人民法院关于适用〈民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第39条，推定拒绝鉴定方承担不利后果（即确认或否认亲子关系）。
     
   • 法院判决确认亲子关系后，可持判决书及其他落户材料申请落户。

三、行政申诉与法律救济

若户籍部门以“未提供亲子鉴定”为由直接拒绝落户，且材料已齐全（如出生医学证明、结婚证等），可尝试以下途径：

1. 向上一级公安机关申诉：要求户籍部门出具书面拒绝理由，并依据《行政复议法》或《行政诉讼法》申请复议或诉讼，主张户籍部门行政行为违法。
   
2. 补充材料后重新申请：若户籍部门要求亲子鉴定是地方性规定，可尝试补充其他证明材料（如村委会/居委会证明、邻居证言等），证明亲子关系真实性。

四、实务建议

1. 优先协商与沟通：与户籍部门、配偶或亲属充分沟通，明确拒绝落户的具体原因，针对性解决问题。
   
2. 保留证据：保存所有与落户相关的材料（如出生证明、结婚证、沟通记录等），以备后续维权使用。
   
3. 及时行动：户籍问题可能影响孩子入学、医疗等权益，建议尽快处理，避免延误。

总结：拒绝做亲子鉴定导致落户受阻时，需根据具体原因选择协商、诉讼或行政申诉途径。若对亲子关系无争议，可补充其他证明材料；若存在争议，可通过法院确认亲子关系后落户。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。