交契税时房屋份额协议可以手写，但需满足一定条件以确保其法律效力。具体分析如下：

1. 手写协议的法律效力
   根据《民法典》第四百九十条，手写协议（合同）只要满足以下条件即具有法律效力：

   • 双方真实意思表示；
     
   • 内容不违反法律、行政法规的强制性规定；
     
   • 双方签字或盖章（手写签名即可）。
     因此，房屋份额协议手写本身不影响其效力，但需确保内容完整、条款清晰。

2. 契税缴纳对协议形式的要求
   契税缴纳以房屋产权登记信息为准，而房屋份额协议是产权登记的依据之一。税务部门通常不强制要求协议必须为打印件，但需满足：

   • 内容明确：协议中需清晰约定各方的份额比例（如“甲方占60%，乙方占40%”）；
     
   • 签字真实：手写签名需与身份证姓名一致，且无代签、胁迫等情形；
     
   • 与登记一致：协议内容需与后续办理的房产证份额登记一致。
     

3. 实务建议

   • 推荐打印件：手写协议可能因字迹潦草、涂改等问题引发争议，建议使用打印件并手写签名；
     
   • 公证增强效力：若份额分配复杂（如涉及赠与、继承等），可办理公证以避免后续纠纷；
     
   • 留存证据：无论手写或打印，均需保留协议原件，并拍照或扫描备份。
     

总结：手写房屋份额协议可用于契税缴纳，但需确保内容合法、签字真实且无歧义。若涉及复杂权益分配，建议咨询专业律师完善协议条款。