中标人与采购人签订的政府采购合同，招标代理机构一般需要留存一份，但并非绝对强制要求，具体需结合实际情况和行业惯例判断。以下从不同角度展开分析：

1. 从法律规范角度

根据《中华人民共和国政府采购法》及其实施条例，法律未明确规定招标代理机构必须留存合同副本。但《政府采购货物和服务招标投标管理办法》（财政部令第87号）第六十三条规定，招标代理机构应当妥善保存采购文件，包括招标文件、投标文件、评标报告等，保存期限为从采购结束之日起至少十五年。
合同作为采购文件的重要组成部分，虽未被直接列为“必须留存”的文件，但实践中招标代理机构通常会留存合同副本，以备后续审计、质疑投诉处理或法律纠纷时使用。

2. 从行业惯例角度

招标代理机构在政府采购项目中承担组织、协调、监督等职责，留存合同副本是行业通行做法。原因包括：

• 便于追溯采购流程：合同是采购结果的直接体现，留存合同可证明招标程序合法合规；
  
• 应对质疑投诉：若供应商对采购结果提出异议，招标代理机构需提供完整采购文件（包括合同）作为证据；
  
• 配合审计监督：财政、审计部门检查时，合同是核查采购资金使用、项目履约情况的关键材料。

3. 从风险防范角度

即使法律未强制要求，招标代理机构仍建议主动留存合同副本，以规避以下风险：

• 责任追溯风险：若因合同内容与招标文件不一致引发纠纷，招标代理机构可能因未留存合同而被追究责任；
  
• 信息缺失风险：未留存合同可能导致无法及时回应供应商或监管部门的查询，影响机构信誉；
  
• 操作便利性：留存合同可简化后续项目验收、付款等环节的沟通成本。

4. 特殊情形说明

若招标代理机构与采购人明确约定合同由采购人自行保管，或项目采用电子化采购平台（合同自动归档至平台），则招标代理机构可能无需单独留存纸质合同。但即使如此，仍建议通过备份电子合同或签署确认函的方式，确保自身履职记录完整。

总结建议：
招标代理机构应结合项目性质、采购人要求及内部管理规范，决定是否留存合同副本。若留存，需注意合同保密性，避免泄露供应商商业秘密；若不留存，需通过其他方式（如书面确认、电子归档）证明自身已履行法定职责。如有具体项目操作疑问，可进一步向我咨询细节。