关于合同协议有问题时诉讼时效的起算点，通常是从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。以下是对这一问题的详细分析：
一、诉讼时效起算点的一般规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这意味着，在合同纠纷中，如果合同协议存在问题，导致一方权利受到损害，那么诉讼时效的起算点通常是从该方知道或应当知道其权利受到损害以及具体的义务人（即违约方）之日起开始计算。
二、具体情境下的诉讼时效起算
合同明确约定履行期限：
- 如果合同中明确约定了履行期限，那么当义务人未在约定期限内履行义务时，权利人通常会在履行期限届满后立即知道其权利受到损害。因此，诉讼时效的起算点就是履行期限届满之日。
合同未明确约定履行期限：
- 如果合同中未明确约定履行期限，或者约定不明确，那么权利人可能需要在合理期限内催告义务人履行义务。如果义务人在催告后的合理期限内仍未履行，那么权利人可以认为其权利受到损害，诉讼时效的起算点就是催告后的合理期限届满之日。
合同存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果合同是在欺诈、胁迫等情形下签订的，那么权利人可能在签订合同时并不知情。在这种情况下，诉讼时效的起算点通常是从权利人知道或应当知道合同存在欺诈、胁迫等情形之日起开始计算。
三、诉讼时效的中断与延长
- 诉讼时效中断：在诉讼时效期间内，如果因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等）导致诉讼时效中断，那么从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。
- 诉讼时效延长：在特殊情况下，如果权利人因不可抗力或其他正当理由不能在诉讼时效期间内行使请求权，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。
四、法律建议
- 及时主张权利：一旦发现合同协议存在问题，且可能损害自身权益，应及时向义务人主张权利，并保留好相关证据（如书面通知、聊天记录等），以证明自己曾在诉讼时效期间内行使过请求权。
- 咨询专业律师：如果对于诉讼时效的起算点、中断或延长等存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲应在2023年1月1日前向乙交付货物。但到期后甲未交付，乙在2023年1月5日发现甲未履行义务。那么，乙对甲的诉讼时效期间应从2023年1月5日起计算三年。如果乙在2024年1月向甲发出书面催告，要求甲在一个月内交付货物，但甲仍未履行，那么乙对甲的诉讼时效期间将从催告后的一个月届满之日起重新计算三年。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在合同纠纷方面还有其他问题，欢迎直接向我咨询。