结论：公司账户被司法冻结后，原则上不能通过申请另案执行来阻止资金转入该账户，但可通过特定法律程序或措施避免资金被冻结或执行。以下为具体分析：

1. 司法冻结的效力范围
   根据《民事诉讼法》第249条，法院冻结银行账户时，账户内资金即被限制处分（包括转入、转出、支付等）。即使后续存在其他案件，原冻结措施的效力持续存在，其他法院原则上不得重复冻结同一账户内相同金额的资金（《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第26条）。因此，另案法院通常无法直接通过执行程序阻止资金转入已冻结账户，但转入资金可能被原冻结法院纳入执行范围。

2. 例外情形：轮候冻结与优先权

   • 若另案法院对同一账户申请轮候冻结（《最高人民法院关于查封、扣押、冻结财产的规定》第26条），后续转入的资金可能被轮候法院实际控制，但需以原冻结金额不足为前提。
     
   • 若转入资金涉及特定优先权（如工资、税费、建设工程价款等），可能依据《民法典》第807条或《税收征收管理法》第45条等规定，通过提出执行异议或参与分配程序主张优先受偿，但无法直接阻止资金转入。

3. 替代性解决方案

   • 申请解除或变更冻结措施：若冻结金额超过执行标的，可依据《民事诉讼法》第232条向原冻结法院提出执行异议，要求解除超额部分冻结，为后续资金转入预留空间。
     
   • 协商第三方监管账户：与申请执行人、法院协商，将应付款项转入法院指定的监管账户，避免资金进入原冻结账户后被划扣。
     
   • 提起案外人异议之诉：若转入资金属于案外人所有（如共有人财产），可依据《民事诉讼法》第234条提起诉讼，主张排除执行。

4. 风险提示
   擅自通过另案执行程序转移资金至已冻结账户，可能构成《刑法》第313条规定的“拒不执行判决、裁定罪”，或被法院依据《民事诉讼法》第114条处以罚款、拘留。建议操作前充分评估法律风险。

行动建议：
若需通过法律程序保护公司资金，建议携带冻结裁定书、账户流水、另案法律文书等材料，进一步向我咨询具体方案。我将结合案件细节（如冻结法院、金额、另案性质等）设计合规的应对策略。