您好，关于企业微信发工资的合法性问题，这确实是一个需要细致考虑的问题。首先，我可以明确地告诉您，在双方协商一致、符合法律法规，并能确保工资支付记录的准确性和可追溯性的前提下，企业通过微信发工资是合法的。不过，这其中涉及多个方面，我来为您详细解释一下。
合法的情况
双方协商一致： 企业与员工之间需要就工资发放方式达成一致。如果双方都同意使用微信作为工资发放的渠道，并且在实际操作中能够确保工资的准确、及时发放，那么这种支付方式在法律上是被认可的。
符合支付规定： 虽然《工资支付暂行规定》要求用人单位以货币形式按月支付给劳动者本人，但并未明确排除微信等电子支付方式。只要微信转账能够满足货币支付的本质要求，即能够即时、无障碍地完成资金转移，且不违反其他相关法律法规，就可以视为合法的支付方式。
临时应急处理： 在特殊情况下，如企业财务系统故障或银行转账受阻时，为确保员工按时收到工资，经与员工沟通并说明情况后，采用微信方式应急发放工资，这种做法通常也是被允许的。
需要注意的问题与风险
尽管微信发工资在特定条件下是合法的，但企业仍需注意以下问题与风险：
举证困难： 如果双方未在劳动合同中明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议，员工可能面临举证困难。因此，建议企业在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节，以保障双方权益。
记录有效性： 微信转账记录易于删除或篡改，可能影响其作为法律证据的有效性。企业应提醒员工妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，以备不时之需。同时，企业自身也应建立完善的工资发放记录系统，确保工资发放的可追溯性。
系统故障风险： 微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题，导致工资未能按时发放或出现错误。企业应建立应急预案，确保在出现问题时能及时处理并恢复工资的正常发放。
税务风险： 通过微信发放工资可能不利于税务监管。企业需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。否则，可能面临税务违法问题和相应的处罚。
行业或地区规定： 部分特殊行业或对资金管理有严格要求的企业可能需遵循特定的财务制度和规定，不能仅通过微信发放工资。同时，不同地区对于工资发放的具体规定也可能有所差异。企业应遵守当地的相关规定进行工资发放。
合法合规性建议
为了确保微信发工资的合法性和合规性，我建议您企业采取以下措施：
明确合同约定： 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间等关键条款。这有助于保障双方权益，避免未来可能出现的争议。
选择对公账户： 为确保税收及社保的合理处理，企业应优先选择通过对公账户发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。例如，可以通过企业微信的官方支付功能或与银行合作的电子支付平台进行工资发放。
建立完善的工资发放记录系统： 企业应建立完善的工资发放记录系统，包括工资发放时间、金额、支付方式等详细信息。这有助于企业在未来可能出现的争议中提供有力的证据支持。
综上所述，企业通过微信发工资在特定条件下是合法的，但需要注意多个方面的问题与风险。为了确保合法性和合规性，企业应采取相应的措施来保障双方权益。希望这些解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。