员工贪钱1000元，用人单位可依据内部规章制度和法律规定进行处理，具体处理方式需结合实际情况判断，常见处理方式如下：

1. 内部处理
   根据《劳动合同法》第三十九条，若员工行为违反公司规章制度（如《员工手册》中明确禁止贪污、挪用资金等行为），且规章制度已通过民主程序制定并公示，用人单位可依法解除劳动合同，无需支付经济补偿。
   操作建议：

   • 立即固定证据（如监控录像、财务记录、员工自述等）；
     
   • 依据制度启动内部调查程序，确保程序合法；
     
   • 书面通知员工处理结果，并要求其返还赃款。

2. 刑事追责（视情节严重性）
   根据《刑法》第二百七十一条，若员工利用职务便利将单位财物非法占为己有，数额较大（通常为6万元以上）构成职务侵占罪。但1000元未达刑事立案标准，无法追究刑事责任。
   例外情形：若员工多次贪污或存在其他恶劣情节（如伪造文件、勾结外部人员），即使单次金额较低，也可能被认定为“数额较大”的累积行为，需结合具体证据判断。

3. 民事索赔
   用人单位可依据《民法典》第一百二十二条，以“不当得利”为由要求员工返还1000元及可能产生的利息损失。
   操作建议：

   • 发送书面《返还通知书》，明确金额和返还期限；
     
   • 若员工拒不返还，可向法院提起民事诉讼（诉讼费仅50元，程序简便）。

4. 劳动仲裁风险防范
   若用人单位以“严重违纪”为由解除劳动合同，需确保：

   • 规章制度合法有效（内容合法、民主程序、公示告知）；
     
   • 解除程序合规（通知工会、听取申辩、出具书面证明）；
     
   • 证据充分（避免因证据不足被认定为“违法解除”需支付赔偿金）。

温馨提示：

• 1000元虽金额较小，但若处理不当可能引发员工投诉或劳动仲裁，建议优先通过沟通协商解决；
  
• 若员工态度恶劣或存在历史违纪记录，可结合内部制度严肃处理以儆效尤；
  
• 具体操作中如有疑问，可进一步向我提供细节（如员工岗位、贪污手段、公司制度条款等），我会为您定制解决方案。