合同约定第三方付款、发票开给第三方是合法的，但需满足一定条件并注意潜在风险。以下从不同角度详细分析：

一、合法性分析

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，可以约定合同的内容，包括付款方和发票开具对象。因此，如果合同双方明确约定由第三方付款，并将发票开具给第三方，这种约定本身并不违反法律的强制性规定，是合法的。
2. 发票管理规定：根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票的开具应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。虽然该办法并未直接规定发票的开具对象必须与付款方一致，但要求发票内容必须真实、准确。因此，在合同约定第三方付款的情况下，只要发票的开具内容真实反映了交易情况，且符合税法的相关规定，就是合法的。

二、潜在风险与注意事项

1. 税务风险：虽然合同约定第三方付款、发票开给第三方本身不违法，但如果这种安排被用于逃避税收或进行其他违法活动，就可能面临税务机关的调查和处罚。因此，在签订此类合同时，应确保交易的真实性和合法性，避免涉及税务违法。
2. 合同履行风险：如果第三方未能按照合同约定履行付款义务，可能导致收款方面临资金回收困难的风险。因此，在签订合同时，应明确第三方的付款责任和违约责任，以降低合同履行风险。
3. 发票管理风险：如果发票的开具不符合税法的相关规定，如虚开发票、开具与实际交易不符的发票等，就可能面临税务机关的处罚。因此，在开具发票时，应确保发票内容的真实性和准确性，并遵守税法的相关规定。

三、建议

1. 明确合同条款：在签订合同时，应明确约定第三方付款的具体方式、时间、金额等条款，以及发票的开具对象、内容、时间等条款，以避免后续纠纷。
2. 加强沟通协调：在合同履行过程中，应加强与付款方和第三方的沟通协调，确保付款和发票开具的顺利进行。
3. 遵守税法规定：在开具发票时，应严格遵守税法的相关规定，确保发票内容的真实性和准确性，避免涉及税务违法。