被没收的经营权如何处理，需结合具体情境和法律规定来分析，以下是几种常见情况及处理方式：
因违法违规被行政机关没收经营权
- 确认没收决定的合法性：首先需审查行政机关作出没收决定的程序是否合法，如是否依法送达通知书、是否给予陈述申辩机会、是否举行听证（如符合法定条件）等。若程序违法，可通过行政复议或行政诉讼主张撤销没收决定。
- 评估没收依据的实体合法性：检查行政机关引用的法律依据是否准确（如是否超出法定处罚范围、是否符合比例原则）。例如，若经营权因轻微违法被没收，而法律仅规定警告或罚款，则可能构成滥用职权。
- 后续处理：若没收决定合法有效，经营权即归国家或集体所有，原经营者需停止使用并配合交接。若认为没收决定错误，可在法定期限内（通常为60日申请行政复议，6个月提起行政诉讼）寻求救济。
因刑事犯罪被司法机关没收经营权
- 刑事没收的特殊性：若经营权被认定为犯罪工具或违法所得（如通过贿赂获得的经营权），法院可在刑事判决中直接没收。此时需关注刑事程序是否合法，如证据是否充分、定罪量刑是否适当。
- 救济途径：对刑事没收不服的，可依法提出上诉或申诉。若经营权与刑事案件无关，但被错误牵连，需通过刑事附带民事诉讼或单独民事诉讼主张权利。
因合同违约或侵权被没收经营权
- 合同条款审查：若经营权基于合同授予（如特许经营协议），需检查合同中是否约定没收条件及程序。若对方未按约定程序行使权利，可主张违约并要求赔偿。
- 侵权责任认定：若经营权被第三方侵权没收（如恶意抢夺），需通过民事诉讼确认侵权行为，并要求返还经营权或赔偿损失。
经营权被没收后的补偿问题
- 行政补偿：若经营权被合法没收但造成合法财产损失（如投入的装修、设备），可依据《国家赔偿法》或地方性法规申请补偿，但需证明损失与没收行为存在直接因果关系。
- 民事赔偿：若因他人违法行为导致经营权被没收，可向侵权人主张赔偿（如因合作伙伴违约导致经营权被终止，可要求其承担违约责任）。
行动建议：
- 立即收集相关证据（如没收决定书、合同、付款凭证、沟通记录等）；
- 咨询专业律师分析没收决定的合法性及救济途径；
- 根据具体情况选择行政复议、行政诉讼、民事诉讼或刑事申诉等程序；
- 若涉及重大利益，建议同步与行政机关或司法机关沟通，争取协商解决。
如有进一步细节（如没收主体、法律依据、经营权性质等），可随时补充说明，我会为您定制更具体的解决方案。