农户卖百合种子是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若百合种子属于普通农作物种子，且农户具备相应的销售资质和条件：
- 在这种情况下，农户销售百合种子通常是合法的。但需要注意的是，即使销售普通农作物种子，农户也需要确保种子的质量符合相关标准，且销售行为符合市场监管的要求，比如需要办理相关的经营许可或备案手续（具体依据当地农业部门的规定）。如果未办理相关手续或种子质量不达标，可能会面临行政处罚。
若百合种子属于国家保护或限制交易的品种：
- 如果百合种子属于国家保护的野生植物资源，或者属于国家限制交易的农作物种子品种，那么农户未经许可擅自销售就可能构成违法。例如，某些珍稀的百合品种可能受到《野生植物保护条例》或《种子法》等法律法规的保护，未经批准擅自采集、销售这些种子是违法的。
若农户销售的是转基因百合种子：
- 根据《农业转基因生物安全管理条例》等相关法律法规，转基因种子的销售需要经过严格的审批和监管。如果农户未经批准擅自销售转基因百合种子，不仅可能面临行政处罚，还可能对生态环境和人体健康造成潜在风险。
法律建议：
- 在销售百合种子前，农户应首先了解该种子是否属于国家保护或限制交易的品种，以及是否需要办理相关的经营许可或备案手续。
- 农户应确保销售的种子质量符合相关标准，避免因种子质量问题引发纠纷或行政处罚。
- 如果农户对相关法律法规不了解或存在疑问，建议咨询当地农业部门或法律专业人士，以确保销售行为的合法性。
可能法律后果：
- 如果农户未经许可擅自销售国家保护或限制交易的百合种子，或者销售质量不达标的种子，可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 在严重情况下，如果农户的销售行为对生态环境或人体健康造成了损害，还可能承担刑事责任。
总之，农户在销售百合种子时，应谨慎行事，确保销售行为的合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。