结论是：逾期了停用银行卡，是否还会扣款取决于多种情况，包括银行卡的类型、扣款协议的存在与否以及银行的具体操作等。以下是对这一问题的详细分析：
银行卡类型与扣款关系：
- 储蓄卡：如果逾期的是与储蓄卡关联的贷款或信用卡，且储蓄卡作为还款账户被设定了自动扣款，那么即使储蓄卡被停用（非注销），银行在特定情况下（如账户内仍有余额）仍可能尝试扣款。但通常，如果卡片被正式停用且账户被冻结或限制交易，扣款可能会失败。
- 信用卡：信用卡本身如果逾期且被停用，通常意味着卡片已无法用于消费。然而，对于信用卡的欠款，银行会通过其他方式（如联系持卡人、通过法律途径等）进行追讨，而不会直接从已停用的信用卡中扣款。但如果信用卡与储蓄卡或其他账户有关联，且设定了自动还款，银行可能会从关联账户中扣款。
扣款协议的存在：
- 如果持卡人与银行签订了自动扣款协议，且该协议在卡片停用后仍然有效（这取决于协议的具体条款和银行的操作），那么银行可能会继续从关联账户中扣款以偿还逾期款项。
- 如果自动扣款协议被取消或因卡片停用而失效，银行则无法再通过该方式扣款。
银行的具体操作：
- 不同银行对于逾期卡片和扣款的处理方式可能有所不同。一些银行可能会在卡片停用后立即停止所有与该卡片相关的交易和扣款，而另一些银行则可能根据具体情况（如逾期金额、持卡人信用记录等）来决定是否继续尝试扣款。
法律后果与建议：
- 法律后果：逾期还款可能会导致信用记录受损、产生罚息和违约金等法律后果。如果银行无法通过扣款方式收回欠款，可能会采取法律手段（如起诉、申请强制执行等）来追讨。
- 建议：如果您的银行卡因逾期而被停用，建议您立即与银行联系，了解逾期款项的具体情况、扣款协议的状态以及银行的处理方式。同时，您应尽快偿还逾期款项，以避免进一步的法律后果和信用损失。如果您对银行的扣款行为有异议或认为存在不当扣款的情况，您可以向银行提出申诉或寻求法律帮助。
举例说明：假设您有一张与储蓄卡关联的信用卡逾期未还，且储蓄卡被设定了自动还款。如果储蓄卡因某种原因被停用（但未被注销），且自动还款协议仍然有效，那么银行可能会在还款日尝试从储蓄卡中扣款。但如果储蓄卡已被冻结或限制交易，扣款可能会失败。此时，您应主动与银行联系，了解具体情况并尽快偿还逾期款项。
特殊情况：如果您的银行卡被停用是因为银行认为存在安全风险（如盗刷风险）而采取的临时措施，那么银行可能会在风险解除后恢复卡片的使用和扣款功能。但在此期间，您仍应关注逾期款项的偿还情况，以避免产生不必要的法律后果。
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