结论：同一个人两个样本亲子鉴定结果一样，但对比位点有三点不同，这种情况在理论上是不应该出现的，不过在实际操作中，可能由于技术误差、样本污染、基因突变或数据库差异等原因导致。以下是对这些可能原因的详细分析：
技术误差：
- 亲子鉴定通常依赖于DNA分析技术，尽管这些技术非常精确，但仍然存在一定的误差率。这种误差可能来源于样本处理、DNA提取、扩增或测序等各个环节。
- 如果两个样本在不同的时间或由不同的技术人员进行处理，可能会因为操作上的微小差异而导致结果的不一致。不过，这种不一致通常不会达到三个对比位点的差异，除非存在较大的技术失误。
样本污染：
- 样本在采集、保存或处理过程中可能受到污染，如接触到其他人的DNA、环境中的微生物DNA等。
- 如果两个样本中的至少一个受到了污染，那么鉴定结果就可能出现偏差，包括对比位点的不同。
基因突变：
- 虽然基因突变在亲子鉴定中通常不是主要考虑因素，因为亲子之间的基因相似度非常高，但极少数情况下，基因突变可能导致某些位点的差异。
- 然而，基因突变通常不会同时影响三个对比位点，除非这些位点恰好位于基因突变的高发区域，且发生了罕见的连锁突变。
数据库差异：
- 亲子鉴定通常依赖于特定的DNA数据库进行比对。如果两个样本使用的数据库不同，或者数据库中的信息存在更新或修正，那么比对结果也可能出现差异。
- 但这种情况通常不会导致对比位点的直接不同，而是可能影响比对的准确性和置信度。不过，在极端情况下，如果数据库中的某个位点信息存在错误或遗漏，也可能导致比对结果的偏差。
建议与行动：
- 复检：如果遇到这种情况，首先建议进行复检，以确认结果的准确性。复检可以使用相同的样本或新的样本，并尽量确保所有操作条件的一致性。
- 专业咨询：如果复检结果仍然存在差异，建议咨询专业的亲子鉴定机构或遗传学家，以获取更专业的解释和建议。
- 法律考量：如果亲子鉴定结果用于法律目的，如确定亲子关系以解决抚养权、继承权等问题，那么结果的准确性至关重要。在这种情况下，可能需要通过法律程序来确认鉴定结果的合法性，并考虑是否需要进一步的鉴定或证据。
后续思考：
- 在进行亲子鉴定时，应尽可能选择正规、专业的鉴定机构，以确保结果的准确性和可靠性。
- 对于鉴定结果中的任何疑问或不一致，都应及时寻求专业咨询和解释，以避免可能的误解或纠纷。
如有任何进一步的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。