法人公司与个体工商户签订居间协议并进行转账，在符合法律法规和协议约定的情况下，是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

一、居间协议的合法性

1. 居间协议的定义：居间协议是居间人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。在法人公司与个体工商户之间签订居间协议，只要协议内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该协议就是有效的。

2. 居间人的资质：居间人可以是法人、其他组织或自然人，法律并未对居间人的资质作出特别限制。因此，个体工商户作为居间人，只要具备相应的民事行为能力，就可以与法人公司签订居间协议。

二、转账的合法性

1. 转账作为支付方式：在居间协议中，转账通常作为支付居间报酬的方式。只要转账行为符合协议约定，且资金来源合法，转账行为就是合法的。

2. 税务合规性：法人公司与个体工商户在转账过程中，应确保税务合规。居间报酬应作为个体工商户的收入进行纳税申报，法人公司也应按照税法规定履行代扣代缴义务（如适用）。

3. 反洗钱规定：转账行为应遵守反洗钱相关规定，确保资金来源和用途的合法性。如果转账金额较大或频繁，应关注是否涉及洗钱等违法行为。

三、可能存在的风险及防范措施

1. 协议条款不明确：如果居间协议中的条款不明确或存在歧义，可能导致双方对协议内容产生争议。因此，在签订协议时，应确保条款清晰、明确，并尽可能预见可能出现的风险点。

2. 居间人违约：如果居间人未能按照协议约定履行义务，如未提供真实的订立合同机会或媒介服务，可能导致法人公司遭受损失。为防范此类风险，法人公司可以在协议中约定违约责任和赔偿条款。

3. 资金安全：在转账过程中，应确保资金安全。建议使用银行转账等安全可靠的支付方式，并保留好转账记录作为证据。

四、法律建议

1. 签订书面协议：为确保双方权益，建议法人公司与个体工商户签订书面居间协议，并明确约定双方的权利义务、居间报酬及支付方式等条款。

2. 遵守法律法规：在签订和履行居间协议过程中，双方应遵守相关法律法规和监管要求，确保协议的合法性和有效性。

3. 及时咨询专业律师：如果在签订或履行居间协议过程中遇到法律问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和支持。

总之，法人公司与个体工商户签订居间协议并进行转账，在符合法律法规和协议约定的情况下是合法的。但双方应谨慎签订协议、遵守法律法规，并在必要时及时咨询专业律师以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。