针对公司为股东的关联公司提供担保，是由股东会决议还是董事会决议的问题，这主要取决于公司章程的规定以及相关法律法规的要求。以下是对此问题的详细分析：
基本法律规定：
- 根据《公司法》第十六条，公司为他人提供担保时，需依照公司章程的规定，由董事会或者股东会、股东大会作出决议。这意味着，决策机构的选择首先取决于公司章程的约定。
- 若公司章程对担保的决策机构有明确规定，则应优先遵循章程的规定。例如，章程可能规定所有对外担保均需由股东会决议，或者根据担保金额的大小分别由董事会或股东会决议。
特殊情况下的决策要求：
- 当公司为其股东或实际控制人提供担保时，法律有更为严格的要求。根据《公司法》的相关规定，此类担保必须经过股东会或股东大会的决议，并且与被担保的股东或实际控制人有关联的股东需回避表决。这是为了确保决策的公正性，防止利益输送。
- 在您提到的情况下，即公司为股东的关联公司提供担保，虽然直接的法律条文可能并未明确提及“关联公司”，但通常这种担保也会被视为与股东利益密切相关，因此建议参照为股东提供担保的规定，即由股东会决议，并确保关联股东回避表决。
公司章程的自主权与实际操作：
- 公司章程作为公司的“宪法”，具有最高的法律效力。因此，如果公司章程中明确规定了对外担保的决策机构、程序及限额等，那么应优先遵循章程的规定。
- 在实际操作中，公司应审慎对待担保决策，确保决策程序的合法性和合规性。这包括但不限于：对被担保人的资产状况、信用等级进行全面评估；确保决策机构（董事会或股东会）的组成和表决程序符合公司章程和法律法规的要求；以及及时履行信息披露义务（如为上市公司）。
法律后果与风险提示：
- 如果公司未经适当程序作出担保决策，可能会面临法律风险和财务风险。例如，被担保人无法清偿债务时，公司可能需要承担连带责任；或者因决策程序不合规而被监管机构处罚。
- 因此，建议公司在作出担保决策前，充分评估风险并咨询专业律师的意见。同时，加强内部管理和风险控制，建立健全的担保管理制度和流程。
综上所述，公司为股东的关联公司提供担保时，决策机构的选择应首先遵循公司章程的规定。如果章程未明确规定或规定与法律法规相冲突时，应参照《公司法》的相关规定，即通常建议由股东会决议，并确保关联股东回避表决。在实际操作中，公司应审慎对待担保决策，确保决策程序的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。