客运车两座改三座是违法的。以下从几个方面为你详细分析：
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，机动车的座位数量、布局等是车辆安全性能的重要指标，必须符合车辆出厂时的安全标准。擅自改变车辆座位数量，即改变了车辆原有的安全结构，可能影响到车辆的行驶稳定性和乘客的安全，因此是违法的。
安全风险层面：
- 客运车的设计和制造都是基于特定的座位数量和布局进行的，以确保在行驶过程中能够提供足够的稳定性和安全性。如果擅自增加座位，可能会破坏这种平衡，增加车辆在行驶过程中的风险，如侧翻、制动距离延长等，对乘客和驾驶员的生命安全构成威胁。
行政处罚层面：
- 对于擅自改变机动车座位数量的行为，交通管理部门有权依法进行处罚。处罚措施可能包括罚款、扣留车辆、责令恢复原状等。在严重的情况下，如果这种行为导致了交通事故或人员伤亡，还可能涉及刑事责任。
实际操作建议：
- 如果你作为客运车的车主或驾驶员，发现车辆座位数量与出厂标准不符，或者有人提议进行这样的改装，应坚决拒绝并立即向相关部门报告。同时，应定期检查车辆的安全性能，确保车辆符合道路交通安全法规的要求。
总结与建议：客运车两座改三座不仅违法，而且存在严重的安全风险。作为车主或驾驶员，应严格遵守相关法律法规，确保车辆的安全性能符合标准。如果你有任何关于交通运输领域的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。