持有C1E驾照驾驶报废摩托车，一般情况下会导致整个驾驶证（包括C1和E准驾车型）被吊销，并面临二百元以上二千元以下罚款。但在某些特殊情况下，处罚可能仅针对E准驾部分，具体取决于当地交通管理部门的认定、相关法规执行情况以及具体案件情节。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的处罚
吊销驾驶证：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第一百条的规定，驾驶拼装的机动车或者已达到报废标准的机动车上道路行驶的，公安机关交通管理部门应当予以收缴，强制报废，并对驾驶人处二百元以上二千元以下罚款，同时吊销机动车驾驶证。
- C1E驾驶证是合并的驾驶证，代表持证人同时具备C1（小型汽车等准驾车型）和E（普通二轮摩托车等准驾车型）的驾驶资格。从驾驶证的整体性来讲，因驾驶报废摩托车违法，交通管理部门可以依法吊销整个C1E驾驶证。
罚款：
- 罚款金额在二百元以上二千元以下，具体数额由交通管理部门根据违法情节的严重程度进行裁量。
二、特殊情况下的处罚
仅吊销E准驾资格：
- 如果严格从违法行为与准驾车型的对应关系分析，驾驶报废摩托车主要与E准驾车型相关，而与C1准驾的小型汽车没有直接关联。
- 在某些地区，交通管理部门可能会考虑这一点，仅针对E准驾资格做出吊销处罚，保留C1准驾资格。但这并非普遍情况，而是取决于当地交通管理部门的执法习惯和尺度。
减轻处罚的可能性：
- 在特殊情况下，如驾驶人能够证明其有特殊情况或违法行为情节较轻，且未造成严重后果，有可能在法律允许的范围内争取减轻处罚。但这需要具体案件具体分析，并非所有情况都能减轻处罚。
三、可能影响处罚结果的因素
当地执法习惯：
- 不同地区的交通管理部门在处理此类违法行为时，执法习惯和把握的尺度会有所不同。因此，处罚结果可能因地区而异。
违法情节：
- 如果在驾驶报废摩托车过程中还伴有其他严重交通违法行为，如酒后驾驶、造成交通事故且负主要责任等，将极大增加吊销整个C1E驾驶证的可能性。
驾驶人记录：
- 持证人的过往驾驶记录也可能影响处罚结果。如果驾驶人过往有多次交通违法记录或严重交通违法行为，交通管理部门可能会更倾向于采取严厉的处罚措施。
四、建议与警示
严格遵守交通法规：
- 为避免严重的法律后果，建议驾驶人在驾驶过程中严格遵守道路交通安全法规，不驾驶报废车辆上路。
了解当地执法习惯：
- 了解当地交通管理部门的执法习惯和尺度，以便在面临类似情况时做出合理应对。
及时处理交通违法：
- 如果因驾驶报废摩托车被交通管理部门查处，应及时配合处理，接受处罚，并尽快办理相关手续以恢复驾驶资格。
作为专业律师，我提醒您，驾驶报废车辆不仅危及自身安全，也可能给他人带来严重风险。请务必遵守相关法律法规，合法驾驶。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。