结论：刑事案件中轻微伤是否会留下案底，需根据具体情况分析。单纯民事赔偿纠纷不会留下案底；若涉及行政处罚，则会有违法记录但非刑事案底；特殊情况下构成刑事犯罪则会留下刑事案底。

详细分析：

1. 民事赔偿层面：

   • 在轻微伤案件中，如果双方通过自行协商或法院主持下达成民事赔偿协议，此情况不涉及刑事犯罪和行政处罚，因此不会留下案底。案底通常指的是犯罪记录，而民事纠纷的处理结果不会被记录在犯罪档案中。例如，甲乙两人因琐事发生争执，甲将乙打成轻微伤，后双方在派出所调解下达成赔偿协议，甲赔偿乙医疗费等损失，此情况下甲不会留下案底。

2. 行政处罚层面：

   • 若因造成他人轻微伤害违反《治安管理处罚法》，被公安机关给予行政拘留、罚款等行政处罚，虽不构成刑事案底，但会在公安机关留下违法记录。此记录虽非严格意义上的犯罪案底，但对个人在某些特殊职业的从业资格审查、开具无违法犯罪记录证明等方面可能产生一定影响。例如，丙因故意伤害他人致轻微伤，被公安机关处以行政拘留五日，并罚款二百元，此情况下丙会留下违法记录，但不会留下刑事案底。

3. 刑事犯罪层面：

   • 轻微伤害在绝大多数情况下不构成刑事犯罪。然而，若存在特殊情形，如故意伤害他人致轻微伤害同时符合寻衅滋事罪等其他刑事犯罪构成要件，并被法院判决有罪，则会留下刑事犯罪案底。刑事案底对个人的生活、工作影响广泛且深远，如入伍、报考公务员、从事特定行业等均可能受限。例如，丁因多次无故殴打他人致轻微伤，且情节恶劣，构成寻衅滋事罪，被法院判处有期徒刑一年，此情况下丁会留下刑事案底。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十三条，殴打他人或故意伤害他人身体者，将面临五日以上十日以下拘留及二百元以上五百元以下罚款的行政处罚，情节较轻者则处五日以下拘留或五百元以下罚款。此为行政处罚，非刑事处罚，因此不会留下刑事案底，但会有行政机关的违法处理记录。而根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，故意伤害他人身体构成犯罪的，将受到刑事处罚，并留下刑事案底。

• 建议：在处理轻微伤案件时，建议当事人首先了解案件的性质和可能面临的法律后果。如果案件仅涉及民事赔偿纠纷，应积极与对方协商解决，避免矛盾升级；如果案件可能涉及行政处罚或刑事犯罪，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以便更好地维护自己的合法权益。

总结：轻微伤本身不会直接留下案底，但根据具体情况可能涉及民事赔偿、行政处罚或刑事犯罪。因此，在处理此类案件时，应充分了解法律规定和司法程序，以确保自身权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。