结论：在这种情况下，一般不会因为听从交警指挥而直行被扣分，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
交警指挥的效力
在交通管理中，交警的现场指挥具有最高的法律效力。当遇到特殊情况，如大雨堵车时，交警会根据现场的交通状况进行灵活指挥，以确保交通的顺畅和安全。此时，驾驶员应当服从交警的指挥，按照交警的手势或指示行驶。因此，如果是因为听从交警的指挥而直行，即使该路口原本要求左转，一般也不会被扣分。
可能的例外情况
虽然交警的指挥具有最高效力，但也存在一些可能的例外情况，需要你注意：
交警指挥与交通信号灯不一致：如果交警的指挥与交通信号灯（如红绿灯）的指示不一致，理论上应以交警的指挥为准。但如果在事后，有证据表明交警的指挥存在错误或不当，而你又因此违反了交通信号灯的规定，这种情况下可能会面临一定的争议。不过，在实际操作中，由于交警指挥的现场性和即时性，以及驾驶员对交警指挥的合理信赖，通常不会因此对驾驶员进行扣分处罚。
驾驶员未按照交警指挥行驶的其他原因：如果交警指挥你直行，但你因为个人原因（如分心、未看清指挥等）没有按照指挥行驶，而是选择了其他方向或行为，导致违反了交通规则，那么这种情况下你可能会被扣分。但这种情况与交警的指挥无关，而是你个人的责任。
建议与注意事项
保留证据：如果可能的话，你可以在听从交警指挥后，记录下交警的指挥情况（如拍照、录像等），以备不时之需。虽然在实际操作中，这种情况很少需要驾驶员提供证据，但保留证据总是有益的。
遵守交通规则：尽管在特殊情况下需要听从交警的指挥，但你也应当尽量遵守基本的交通规则，如保持安全车速、不随意变道等。这不仅可以减少交通事故的风险，也可以避免不必要的麻烦。
如有疑问，及时咨询：如果你对交警的指挥或交通规则有任何疑问，可以在事后及时咨询当地的交通管理部门或专业律师，以获取更准确的解答和指导。
最后，遇到类似情况时，保持冷静、听从交警指挥是关键。如果有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律支持。