当被告不认可鉴定结果时，法院的判决并非直接基于被告的认可与否，而是会综合考量鉴定程序的合法性、鉴定结论的科学性及与案件事实的关联性等多方面因素。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法院对鉴定结果的审查原则

1. 合法性审查：法院会首先审查鉴定程序是否合法，包括鉴定机构及鉴定人员的资质、鉴定过程是否遵循法定程序等。若鉴定程序存在违法情形，如鉴定人员不具备相应资质、鉴定过程未遵循回避制度等，法院可能不予采信该鉴定结果。

2. 科学性审查：法院会评估鉴定结论的科学性，即鉴定结论是否基于充分、可靠的证据材料，并采用了科学、合理的鉴定方法。若鉴定结论缺乏科学依据或存在明显错误，法院同样可能不予采信。

3. 关联性审查：法院还会审查鉴定结论与案件事实的关联性。若鉴定结论与案件事实无直接关联或关联性不强，法院可能不会将其作为定案依据。

二、被告不认可鉴定结果时的应对策略

1. 申请重新鉴定：

   • 提出理由：被告若认为鉴定程序违法、鉴定结论依据不足或存在其他严重影响鉴定公正性的情形，可向法院提出重新鉴定的申请。
   • 提交申请与审查：被告需在规定期限内以书面形式向法院提交申请，说明重新鉴定的理由、事项及目的。法院将审查申请，判断是否有必要启动重新鉴定程序。

2. 申请补充鉴定：

   • 指出遗漏：若原鉴定存在遗漏关键信息或部分内容不完整，被告可提出补充鉴定申请，指出遗漏点及其重要性。
   • 申请流程：被告需向法院提交书面申请，阐述需要补充鉴定的具体事项和理由。法院审核通过后，将安排原鉴定机构或指定其他合适机构进行补充鉴定。

3. 申请鉴定人出庭作证并质证：

   • 提出请求：被告可向法院申请鉴定人出庭作证，法院认为有必要时会通知鉴定人出庭。
   • 质证环节：在庭审中，被告可就鉴定机构和人员的资质、鉴定程序的合法性、鉴定依据和方法的科学性等方面对鉴定人进行质证，通过面对面交流和质疑展示原鉴定可能存在的问题。

4. 提供相反证据予以反驳：

   • 收集证据：被告应积极收集能反驳鉴定结论的证据，如新证人证言、其他专业机构的不同意见报告等。
   • 提交与阐述：被告需在规定时间内将证据提交给法庭，并在庭审中进行充分阐述和说明，以削弱原鉴定结论的证明力。

三、法院可能的判决结果

1. 采信原鉴定结果：若法院经审查认为原鉴定程序合法、结论科学且与案件事实关联性强，即使被告不认可，法院也可能采信原鉴定结果作为定案依据。

2. 不采信原鉴定结果并启动重新鉴定：若法院经审查认为原鉴定存在违法情形或结论不科学等严重影响公正性的情形，可能不采信原鉴定结果，并根据被告的申请或依职权启动重新鉴定程序。

3. 部分采信原鉴定结果：在某些情况下，法院可能认为原鉴定结果部分科学、部分不科学，此时法院可能部分采信原鉴定结果，并结合其他证据对案件事实进行认定。

四、建议与注意事项

1. 及时行动：被告若不认可鉴定结果，应在规定期限内及时向法院提出异议并申请重新鉴定或补充鉴定等，避免错过时机。

2. 充分准备：在申请重新鉴定或补充鉴定时，被告应充分准备相关证据材料，以支持自己的申请理由。

3. 尊重法院判决：无论法院最终是否采信原鉴定结果，被告都应尊重法院的判决结果，避免采取过激行为影响案件处理。若对判决结果不服，可在法定期限内依法提起上诉。

总之，当被告不认可鉴定结果时，法院会综合考量多方面因素作出判决。被告应积极采取合法途径维护自己的权益，并尊重法院的判决结果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。