结论：老破小顶楼存放自家骨灰一般不直接违法，但可能涉及违反管理规约、相邻关系纠纷、违反公序良俗等情形，需根据具体情况处理。

具体分析：

1. 不直接违反法律法规层面：
   • 从现行法律法规来看，并没有明确、直接禁止公民在自有房屋内存放自家骨灰的规定。只要房屋产权归属清晰，产权人对自己合法拥有的房屋有占有、使用、收益和处分的权利，在符合房屋基本使用功能（如不改变房屋主体结构等）的前提下，存放自家骨灰从法律条文角度不属于违法行为。
2. 可能违反管理规约层面：
   • 如果该房屋所在小区有业主大会制定的管理规约，且规约中明确禁止在小区房屋内存放骨灰等类似行为。那么业主存放骨灰的行为就违反了管理规约。
   • 处理方式：小区业主委员会或物业服务企业有权要求业主停止该行为，恢复房屋原状。如果业主拒不改正，业主委员会可以依据管理规约向人民法院提起诉讼，要求业主承担相应的违约责任。
3. 相邻关系纠纷层面：
   • 存放骨灰的行为可能会对相邻业主的生活造成影响，比如引发相邻业主心理上的不适、恐惧等，从而引发相邻关系纠纷。根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。给相邻方造成妨碍或者损失的，应当停止侵害，排除妨碍，赔偿损失。
   • 处理方式：相邻业主可以先与存放骨灰的业主进行友好协商，要求其停止该行为或采取合理措施减轻影响。如果协商不成，相邻业主可以向社区、物业等部门寻求调解帮助。若调解仍无法解决问题，相邻业主可以向人民法院提起相邻权纠纷诉讼，要求存放骨灰的业主承担相应的民事责任。
4. 违反公序良俗层面：
   • 虽然法律没有直接禁止，但如果存放骨灰的行为严重违背了社会公序良俗，例如在房屋内进行大规模的祭祀活动，严重干扰了周边居民的正常生活秩序，引起社会公众的强烈反感等。在极端情况下，可能会被认定为违反公序良俗的行为。
   • 处理方式：这种情况下，相关部门（如社区、街道办等）可能会介入进行调解和劝导，要求业主改正行为。如果造成严重社会影响或引发其他严重后果，可能会面临一定的社会舆论压力和道德谴责，但一般不会因此承担法律上的处罚（除非伴随有其他违法行为）。

如果遇到此类问题，建议先与相关方友好沟通协商，尽量通过和平方式解决。若协商无果，可寻求社区、物业等第三方调解，必要时通过法律途径维护自身权益。有问题可以直接向我咨询。