机动车非法改装发动机的处罚主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例，具体处罚措施需结合改装行为是否通过年检、是否上路行驶等情节综合判定，常见处罚情形如下：

1. 未通过年检的非法改装车辆
   根据《道路交通安全法》第十六条，任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。若发动机改装未在车管所备案且未通过年检，车辆将无法合法上路。此时若被交警查获，处罚措施包括：

   • 责令恢复原状：要求车主将发动机恢复至原厂状态；
     
   • 罚款200-500元：依据《机动车登记规定》第七十九条，擅自改变机动车外形或已登记技术数据的，处警告或200-500元罚款；
     
   • 扣留机动车：若车辆存在严重安全隐患或拒不整改，可能被暂扣至整改完成。

2. 已通过年检但非法改装的车辆
   若车主通过伪造文件等手段使改装车辆通过年检，或改装后未重新办理变更登记，属于“骗取年检合格标志”行为。此时处罚更严厉：

   • 罚款2000-5000元：依据《道路交通安全法》第九十六条，使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证的，处15日以下拘留，并处2000-5000元罚款；
     
   • 吊销驾驶证：若改装导致重大交通事故，可能面临吊销驾驶证的处罚；
     
   • 刑事责任：若改装行为涉及生产、销售伪劣产品（如使用翻新发动机），可能构成《刑法》第一百四十条的生产、销售伪劣产品罪，最高可处无期徒刑。

3. 改装后上路行驶的违法行为
   即使改装车辆已通过年检，若改装行为违反《机动车运行安全技术条件》（GB 7258）等国家标准（如排放超标、噪音超标），仍可能被处罚：

   • 罚款200-2000元：依据《大气污染防治法》第一百一十二条，驾驶排放不合格的机动车上路行驶的，处200-2000元罚款；
     
   • 强制报废：若车辆经维修仍无法达到安全标准，可能被强制报废。

特别提醒：

• 合法改装路径：若需改装发动机，必须向车管所申请变更登记，提交改装方案、合格证明等材料，经审核通过后方可改装；
  
• 保险拒赔风险：非法改装车辆发生事故时，保险公司可能以“改变车辆使用性质”为由拒赔；
  
• 刑事风险：若改装行为涉及非法经营（如无证改装厂）、危险驾驶（如飙车）等，可能触犯《刑法》第二百二十五条非法经营罪或第一百三十三条之一危险驾驶罪。

建议：若您已改装发动机或计划改装，请立即联系当地车管所核实合规性；若已因改装被处罚，可提供相关证据（如改装厂资质、检测报告）申请行政复议。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。