九座非营运车辆超员搭载16人属于严重超载行为，可能面临行政处罚甚至刑事责任，具体处理方式需结合超载比例、是否造成事故等因素综合判断。以下是详细分析：

1. 行政处罚层面

根据《道路交通安全法》第九十二条，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处罚标准如下：

• 超员20%以上未达50%：处500-2000元罚款，并扣6分；
• 超员50%以上：处2000-5000元罚款，并扣12分，同时可吊销驾驶证。

本案中：九座车核载9人，实载16人，超员比例达77.8%（（16-9）÷9×100%），已远超50%的阈值，属于“严重超载”。驾驶员可能面临2000-5000元罚款、扣12分、吊销驾驶证的处罚。

2. 刑事责任层面

若超载行为同时满足以下条件，可能构成《刑法》第一百三十三条之一的危险驾驶罪：

• 车辆类型：从事校车业务或旅客运输（本案为非营运车辆，原则上不适用）；
• 严重超员：超员比例达50%以上（本案已满足）；
• 情节恶劣：如多次超载、在高速公路或城市快速路上行驶等。

特殊情形：若该车实际用于营运（如私下揽客），即使登记为非营运，仍可能被认定为“从事旅客运输”，从而触发刑事责任。此时驾驶员可能面临拘役并处罚金。

3. 其他法律后果

• 车辆扣留：交警可依法扣留机动车至违法状态消除；
• 保险拒赔：超载导致的事故，保险公司可能依据免责条款拒绝赔偿；
• 单位责任：若车辆属于单位，单位可能因管理失职被追责。

4. 建议处理步骤

1. 立即整改：卸载超员乘客，消除违法状态；
2. 配合调查：如实说明情况，避免逃避或抗拒执法；
3. 法律救济：若对处罚有异议，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼；
4. 风险防范：若车辆实际用于营运，建议尽快变更登记性质，避免刑事风险。

提示：超载不仅危及乘客安全，还可能引发连锁法律责任。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对方案。