核心结论：若房子实际归儿子所有，但登记在父亲名下，可通过签订《房产代持协议》或《赠与协议》（视具体需求而定）来明确产权归属及双方权利义务。以下分情况详细说明：

1. 若需明确“实际产权归儿子，父亲仅代持”

• 协议类型：签订《房产代持协议》（或称“借名买房协议”）。
• 关键内容：
  • 明确房产实际出资人（儿子）及名义登记人（父亲）；
  • 约定房产的实际所有权归儿子，父亲仅代为持有产权；
  • 规定父亲需配合儿子办理过户、抵押等手续的义务；
  • 约定若父亲擅自处分房产（如出售、抵押）的违约责任；
  • 明确协议终止条件（如儿子要求过户时父亲需配合）。
• 注意事项：
  • 协议需双方签字并按手印，最好公证以增强效力；
  • 保留购房出资凭证（如转账记录、发票等），证明实际出资情况；
  • 若房产涉及贷款，需在协议中明确贷款由谁偿还。

2. 若需将房产“从父亲名下赠与儿子”

• 协议类型：签订《赠与协议》并办理过户手续。
• 关键内容：
  • 明确父亲自愿将房产无偿赠与儿子；
  • 约定赠与条件（如无附加义务或特定条件）；
  • 规定双方配合办理过户手续的义务。
• 注意事项：
  • 赠与协议需公证（尤其涉及大额房产时）；
  • 办理过户需缴纳契税、印花税等税费；
  • 若父亲去世前未过户，可能涉及遗产继承问题，需提前规划。

3. 其他建议

• 家庭协商：若涉及家庭内部安排，建议提前与父亲沟通，避免后续纠纷；
• 法律风险：代持协议可能因“规避政策”（如限购）被认定无效，需确保购房行为合法；
• 专业起草：协议内容复杂，建议由律师起草或审核，确保条款合法有效。

总结：根据实际需求选择协议类型，明确产权归属及双方权利义务，并保留相关证据。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体条款设计或法律风险防范。