道路运输企业1年内违法超限运输超过本企业货运车辆总数百分之十的，将面临由道路运输管理机构责令停业整顿的处罚，情节严重的，还可能被吊销其道路运输经营许可证，并由公安机关交通管理部门对货运车辆驾驶人处以罚款和记分。以下是对此问题的详细分析：
法律依据
根据《公路安全保护条例》第六十六条的规定，对1年内违法超限运输超过3次的货运车辆，由道路运输管理机构吊销其车辆营运证；对1年内违法超限运输超过3次的货运车辆驾驶人，由道路运输管理机构责令其停止从事营业性运输；道路运输企业1年内违法超限运输的货运车辆超过本单位货运车辆总数10%的，由道路运输管理机构责令道路运输企业停业整顿；情节严重的，吊销其道路运输经营许可证，并向社会公告。
同时，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定，货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款。并且，根据违法情节的严重程度，公安机关交通管理部门还会对货运车辆驾驶人进行记分处理。
处罚措施的具体应用
责令停业整顿：当道路运输企业1年内违法超限运输的货运车辆超过本单位货运车辆总数10%时，道路运输管理机构将责令该企业停业整顿。停业整顿的期限将根据违法情节的严重程度和企业整改情况来确定。
吊销道路运输经营许可证：如果道路运输企业在停业整顿期间未能有效整改，或者违法情节特别严重，道路运输管理机构将吊销其道路运输经营许可证。这意味着该企业将失去从事道路运输经营的资格，必须重新申请并获得许可后才能继续经营。
对货运车辆驾驶人的处罚：除了对企业进行处罚外，公安机关交通管理部门还将对违法超限运输的货运车辆驾驶人进行罚款和记分处理。罚款的数额将根据违法情节的严重程度来确定，而记分则可能影响驾驶人的驾驶证审验和换证等事项。
实际建议
加强内部管理：道路运输企业应建立健全内部管理制度，加强对货运车辆和驾驶人的管理，确保车辆不超限运输。
定期培训和教育：企业应定期对货运车辆驾驶人进行培训和教育，提高他们的法律意识和安全意识，减少违法超限运输的发生。
积极配合整改：如果企业被责令停业整顿或面临其他处罚措施，应积极配合道路运输管理机构和公安机关交通管理部门的整改要求，尽快消除违法状态并恢复经营。
如果您在交通运输领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。