现役军人酒驾被查获后，公安机关会将其移交军队相关部门处理，同时可能根据具体情况配合军队进行调查取证等工作。具体处理方式如下：
- 移交军队处理：根据《中华人民共和国刑法》第四百五十条以及相关军事法规，现役军人违反交通法规，包括酒驾等行为，通常由军队内部的保卫部门或军事法院负责处理。公安机关在查获现役军人酒驾后，会将其移交给军队相关部门，如军队的保卫部门或军事检察院，由他们根据军事法律进行调查和处理。
- 配合调查取证：在移交过程中，公安机关会配合军队相关部门进行调查取证工作，提供必要的证据材料，如现场勘查记录、酒精检测报告等，以协助军队对酒驾行为进行认定和处理。
- 可能的处罚措施：根据军事法规，现役军人酒驾可能面临警告、记过、降职、撤职、开除军籍等行政处分，以及罚款、拘留等刑事处罚（如果构成犯罪的话）。具体的处罚措施会根据酒驾的严重程度、造成的后果以及军人的个人情况等因素进行综合考虑。
额外提醒：
- 现役军人应当严格遵守交通法规，杜绝酒驾等违法行为，以维护军队的形象和纪律。
- 如果现役军人酒驾造成了交通事故或人员伤亡等严重后果，除了接受军队的纪律处分外，还可能面临民事赔偿和刑事责任等法律后果。
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