结论：公司在涉及司法案件时，其营业执照的注销会受到严格限制，通常情况下不可直接注销，需等待所有诉讼、执行程序完结，并履行完毕所有债务及清算义务后，方可按照法定程序申请注销。不过，也存在一些特殊情况，下面我将从不同角度为您详细分析。
一、通常不可注销的情况
诉讼阶段：
- 当公司作为原告或被告参与诉讼时，其营业执照不能直接注销。因为注销会导致公司法人资格的消灭，进而影响诉讼程序的正常进行，使诉讼主体不适格。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》，企业法人在解散并依法清算注销前，仍应作为当事人参与诉讼。
执行阶段：
- 若案件已进入执行阶段，公司同样不能注销营业执照。此时，法院需确保公司履行生效法律文书确定的义务。注销可能导致债权人权益受损，且根据相关法律规定，未经依法清算即办理注销登记的，股东或第三人若承诺对公司债务承担责任，债权人可主张其承担相应民事责任。
二、可能注销的特殊情况
司法案件已完结且履行完义务：
- 当公司涉及的司法案件已经审理完毕，并且公司已按照生效的法律文书全面履行了所有义务（如支付款项、完成行为等）时，公司可以进行注销。此时，公司的权利义务关系已经明确，注销不会损害其他当事人的合法权益。
经相关方同意或法院批准：
- 在特定情况下，即使司法案件尚未完全了结，但经过债权人、法院等相关方的同意或法院的特别批准，并且公司能够证明其注销不会影响案件的审理和执行，也不会损害他人权益时，公司也可能被允许注销。这通常涉及企业经营严重困难、继续存续将造成股东重大损失等特殊情形。
三、注销的法定程序与注意事项
- 根据《中华人民共和国公司法》等相关法律规定，公司注销需遵循严格的法定程序，包括作出解散决议、成立清算组进行清算、处理债权债务、制定财产分配方案等。
- 清算过程中，应特别注意对司法案件中涉及的债权债务进行全面彻底的处理，确保无遗漏。
- 只有在清算结束后，确认公司无剩余财产或剩余财产已依法分配，且债权债务已全部处理完毕的情况下，公司才能向登记机关申请办理注销登记。
四、违规注销的法律责任
- 如果公司试图在有司法案件且未履行相关义务的情况下违规注销，相关责任人可能需要承担法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
建议：对于涉及司法案件的公司，建议先积极处理这些法律事务，确保所有纠纷得到妥善解决，并履行完相关清算义务后，再按照法定程序申请注销营业执照。如果您在公司注销过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。