核心结论：若车辆被石子崩坏玻璃且诬陷旁边车辆，可通过收集证据、协商、报警、诉讼等途径处理，具体如下：

1. 收集证据
   • 现场证据：立即对事故现场进行拍照、录像，记录车辆受损情况、石子位置、周围环境等，尤其是要清晰拍摄到旁边车辆与受损玻璃之间的位置关系、可能的石子来源方向等，以证明旁边车辆与玻璃受损之间不存在因果关系或者存在被诬陷的线索。
   • 证人证言：寻找现场目击者，获取他们的联系方式，并请他们出具书面证言或者作为证人出庭作证，证明旁边车辆没有实施导致玻璃受损的行为。
   • 行车记录仪：如果自己的车辆或者周围其他车辆安装有行车记录仪，查看记录内容，看是否能获取到事故发生时的真实情况，包括旁边车辆的行驶状态、是否有异常动作等。
2. 与对方协商
   • 在收集到一定证据后，可以尝试与诬陷自己的车辆车主进行协商。向对方出示收集到的证据，理性地说明情况，要求对方停止诬陷行为，并消除因此给自己造成的不良影响，如公开道歉等。
   • 协商过程中，要注意保留好沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续需要。
3. 报警处理
   • 如果协商无果，或者对方态度恶劣、拒不承认诬陷行为，可以向公安机关报案。将收集到的证据提交给警方，配合警方进行调查。警方会根据具体情况进行判断，如果认定对方存在诬陷行为，可能会依据《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律法规对对方进行处罚，如警告、罚款、行政拘留等。
4. 提起诉讼
   • 民事诉讼：如果诬陷行为给自己造成了名誉损害、经济损失等，可以向法院提起民事诉讼，要求对方承担侵权责任，赔偿自己的损失，包括车辆维修费用、因诬陷导致的误工费、精神损害抚慰金等。在诉讼过程中，要向法院提交充分的证据，证明对方存在过错以及自己的损失与对方的诬陷行为之间存在因果关系。
   • 刑事自诉（如果构成犯罪）：如果对方的诬陷行为情节严重，构成诽谤罪等犯罪的，可以向法院提起刑事自诉。根据《中华人民共和国刑法》规定，以暴力或者其他方法公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。但需要注意的是，刑事自诉对证据的要求较高，需要提供确凿充分的证据证明对方构成犯罪。