在民事诉讼中，撤诉时案件受理费一般按照《诉讼费用交纳办法》的规定减半收取，但特殊情况下费用处理有所不同。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般原则
根据《诉讼费用交纳办法》第十五条，以调解方式结案或者当事人申请撤诉的，案件受理费减半交纳。这一原则适用于大多数民事诉讼案件，包括一审、二审以及小额诉讼程序等。
一审程序中撤诉：
- 原告在一审阶段主动申请撤诉或双方达成调解协议后原告撤诉，案件受理费按正常收费标准的一半收取。例如，如果原诉讼费为1000元，撤诉后则只需缴纳500元。
二审程序中撤诉：
- 当事人在二审程序中申请撤诉，同样减半交纳案件受理费。二审案件受理费的计算基础可能与一审不同，但减半原则一致。
小额诉讼程序撤诉：
- 小额诉讼程序本身收费较低，若当事人申请撤诉，也遵循减半原则。通常按件收取的案件受理费在撤诉后减半。
二、特殊情况
独立请求权的第三人参与诉讼并撤诉：
- 有独立请求权的第三人参与诉讼并提出撤诉申请，且人民法院裁定准许的，案件受理费同样减半收取。
行政案件撤诉：
- 在行政案件中，如果被告改变被诉的具体行政行为，原告申请撤诉并得到法院准许，案件受理费也是减半收取。这一规定体现了行政诉讼中“谁败诉，谁负担”的原则在撤诉情况下的灵活应用。
费用退还与补交：
- 若案件已全部缴纳费用，撤诉后法院会退还多收取的一半费用；若当事人部分预交费用，撤诉时只需补齐减半后的剩余费用。例如，如果原诉讼费为1000元，已预交500元，撤诉后则无需再补交费用，若已预交800元，则法院会退还300元。
驳回起诉或按撤诉处理：
- 如果原告的起诉被法院驳回或按撤诉处理，且已预交案件受理费，这些费用会退还给原告。但需要注意的是，如果原告的行为构成妨碍民事诉讼，法院可能会采取罚款等措施。
非财产案件：
- 对于一些非财产案件，如离婚案件、侵害人格权案件等，虽然收费方式不是按标的额计算，但在撤诉时同样遵循减半收取的规定。
三、注意事项
- 具体的撤诉费用可能受到地区、案件性质等因素的影响，因此在实际操作中，建议根据当地法院的具体规定和案件情况来确定费用的收取和退还。
- 如果撤诉是因为当事人未按期缴纳案件受理费等原因导致的，可能需要补交相应费用或面临其他法律后果。
- 部分案件类型（如劳动争议案件）可能有特殊规定，撤诉后的费用处理方式可能有所不同。
总结来说，民事诉讼中的撤诉费用收取是一个复杂而细致的问题，需要综合考虑多种因素。在处理具体案件时，应仔细审查相关法律规定和案件情况，以确保费用的正确收取和退还。如果您在撤诉费用方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。