结论：无证卖烟40万，一般情况下是会被刑事立案的，但在某些特定情况下，可能存在不被刑事立案的可能性。以下从多个角度进行分析：

一、一般情况下的刑事立案

根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，无证经营烟草专卖品，扰乱市场秩序，情节严重的，构成非法经营罪。非法经营烟草专卖品，具有下列情形之一的，应当认定为刑法第二百二十五条规定的“情节严重”：

1. 非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在二万元以上的；
2. 非法经营卷烟二十万支以上的；
3. 曾因非法经营烟草专卖品三年内受过二次以上行政处罚，又非法经营烟草专卖品且数额在三万元以上的。

在您描述的情况下，无证卖烟40万，显然已经远超过了“情节严重”的标准中的非法经营数额五万元，因此，一般情况下是会被刑事立案的。

二、可能不被刑事立案的特定情况

尽管一般情况下无证卖烟40万会被刑事立案，但也存在一些特定情况，可能使得案件不被刑事立案：

1. 情节显著轻微危害不大：如果行为人虽然无证卖烟，但销售数额、数量等情节显著轻微，且没有造成严重后果，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，可能不被认为是犯罪，从而不被刑事立案。但这种情况在40万的销售额下几乎不可能出现。

2. 存在法定从轻或减轻情节：如果行为人具有自首、立功、从犯、未成年人、盲聋哑人等法定从轻或减轻情节，且犯罪情节相对较轻，有可能在量刑时得到从轻或减轻处理。但这并不意味着案件不会被刑事立案，只是可能在后续的量刑阶段得到一定的宽宥。

3. 证据不足或程序瑕疵：如果侦查机关在收集证据过程中存在程序瑕疵，或者证据不足以证明行为人构成非法经营罪，那么案件可能因证据不足或程序问题而不被刑事立案。但这种情况需要具体的证据和程序问题来支撑，不是普遍现象。

三、法律建议

1. 立即停止违法行为：如果行为人目前仍在从事无证卖烟的行为，应立即停止，以避免进一步的法律风险。

2. 主动配合调查：如果行为人已经被侦查机关调查或传唤，应主动配合调查，如实陈述事实，争取从轻或减轻处理。

3. 寻求专业法律帮助：鉴于案件的复杂性和严重性，建议行为人尽快寻求专业律师的帮助，以便更好地了解自己的法律权利和义务，以及可能的法律后果。

最后需要强调的是，法律问题具有复杂性和个体差异性，每个案件的具体情况都有所不同。因此，如果您或您身边的人面临类似问题，请直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律分析和建议。