在企业被申请破产清算的情况下，是否可以起诉历史股东，需根据具体情况分析，主要取决于历史股东是否存在未履行出资义务、抽逃出资、滥用公司法人独立地位和股东有限责任，以及清算义务人未依法履行清算义务等情形。以下是对此问题的详细分析：
一、股东未履行出资义务或抽逃出资
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，股东应按期足额缴纳认缴的出资额，且不得抽逃出资。若股东未履行出资义务或抽逃出资，在公司破产清算时，管理人有权起诉该股东，要求其补缴剩余的出资或返还抽逃的资金，该资金将用于清偿公司债务。
案例分析：
- 假设某公司破产清算时，发现历史股东张某未足额出资或曾抽逃出资，管理人可以依法起诉张某，要求其承担相应的法律责任。
二、股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任
法律依据：
- 《公司法》明确禁止股东滥用权利逃避债务，损害债权人利益。若股东通过关联交易、转移资产等方式滥用公司法人独立地位和股东有限责任，导致公司无法清偿债务而破产，债权人或管理人有权起诉该股东，要求其对公司债务承担连带责任。
案例分析：
- 例如，某公司股东王某通过关联交易将公司资产转移至自己名下，导致公司无法清偿债务而破产。在此情况下，债权人可以依法起诉王某，要求其对公司债务承担连带责任。
三、清算义务人未依法履行清算义务
法律依据：
- 有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东是清算义务人，需依法履行清算职责。若清算义务人未在规定时间内成立清算组或怠于履行清算义务，导致公司财产损失或无法清算的，债权人或管理人有权起诉他们要求对损失承担连带赔偿责任。
案例分析：
- 假设某公司破产清算时，发现历史股东赵某、钱某等作为清算义务人，未在规定时间内成立清算组或怠于履行清算义务，导致公司财产损失。在此情况下，债权人可以依法起诉赵某、钱某等，要求其承担连带赔偿责任。
四、特殊情况下的责任追究
- 公司注销后的责任追究：即使公司已经注销，若发现存在未处理的债务或违法行为，且该行为与历史股东有关，仍可依法追究相关股东的责任。例如，若公司注销前存在未清偿的债务，且该债务是由于历史股东的违法行为导致的，债权人可以依法起诉该历史股东。
五、建议与注意事项
审查股东行为：
- 在处理公司破产清算案件时，应仔细审查历史股东的行为，确保是否存在未履行出资义务、抽逃出资、滥用权利或未依法履行清算义务等情形。
收集证据：
- 若发现历史股东存在违法行为，应及时收集相关证据，如出资记录、转账凭证、关联交易合同等，以便在起诉时提供有力支持。
依法维权：
- 在起诉历史股东时，应依法进行，确保诉讼程序的合法性和有效性。同时，应注意诉讼时效的问题，避免因超过诉讼时效而丧失维权机会。
综上所述，企业被申请破产清算时，是否可以起诉历史股东需根据具体情况分析。若历史股东存在未履行出资义务、抽逃出资、滥用公司法人独立地位和股东有限责任，以及清算义务人未依法履行清算义务等情形，管理人或债权人均有权依法追究其法律责任。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。