结论：公司借款时法人签字、公司盖章，但款项打入法人个人卡上的行为，其合法性并非绝对，而是取决于多种因素，包括借款合同的约定、款项的实际用途以及是否存在滥用公司法人地位等情形。以下从不同角度进行详细分析：
借款合同约定角度：
- 如果借款合同中明确约定了借款应打入公司指定账户，而实际却打入了法人个人卡上，这可能构成对合同条款的违反。在此情况下，出借方有权要求按照合同约定履行，即要求将款项转入公司账户。
- 如果借款合同中并未明确约定借款的支付方式或账户，那么款项打入法人个人卡上可能并不直接违反合同约定。但此时，仍需考虑其他法律因素来确定该行为的合法性。
款项实际用途角度：
- 即使借款合同未明确约定支付方式，但如果款项实际被用于公司经营或偿还公司债务，且法人能够证明这一点，那么该行为可能被视为合法。因为在此情况下，法人的个人账户实际上起到了公司账户的替代作用，且款项的最终用途符合公司利益。
- 如果款项被法人个人挪用或用于非公司经营目的，那么该行为可能构成违法。因为这可能涉及滥用公司法人地位、逃避公司债务或侵占公司财产等违法行为。
滥用公司法人地位角度：
- 根据《公司法》的相关规定，公司股东或法人不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。如果法人将借款打入个人账户，并以此方式逃避公司债务或损害债权人利益，那么该行为可能被视为滥用公司法人地位，从而面临法律责任。
法律建议：
- 对于公司而言，在借款时应明确约定借款的支付方式、账户以及款项用途等条款，以避免后续纠纷。
- 对于法人而言，应谨慎处理公司借款事宜，确保款项打入公司账户或按照合同约定使用。如果确实需要将款项打入个人账户，应确保款项的合法用途，并保留相关证据以证明其合法性。
- 如果出借方发现款项被打入法人个人账户且存在疑虑，应及时与公司或法人沟通，要求解释款项用途并保留相关证据。必要时，可以寻求法律途径维护自身权益。
可能法律后果：
- 如果该行为被认定为违法或违反合同约定，公司或法人可能面临出借方的索赔、合同解除等法律后果。
- 如果该行为构成滥用公司法人地位或逃避债务等违法行为，公司或法人还可能面临行政处罚或刑事责任等更严重的法律后果。
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