若正式单位（如国企、事业单位等）自己经营商铺存在违规行为，需根据违规性质和后果采取不同处理措施，具体如下：

1. 明确违规性质，区分“程序违规”与“实体违规”

• 程序违规：指经营过程中未履行法定审批、备案、公示等程序（如未按规定招标、未公开经营信息等）。
  
  • 处理方式：由单位内部或上级主管部门责令整改，补办手续或纠正程序瑕疵；若涉及公共利益，可能面临行政处罚（如罚款、通报批评）。
    
• 实体违规：指经营行为违反法律强制性规定（如超范围经营、违规出租商铺、偷逃税款、侵犯知识产权等）。
  
  • 处理方式：需承担行政责任（如罚款、没收违法所得、吊销许可证）或刑事责任（如构成非法经营罪、逃税罪等）；若损害他人权益，还需承担民事赔偿责任。
    

2. 根据违规主体，确定责任承担方式

• 单位直接违规：若商铺由单位自主经营且违规行为系单位决策或直接实施，责任由单位承担（如罚款、整改）。
  
• 员工个人违规：若员工利用职务之便违规经营（如私自收受回扣、挪用资金），单位可能需承担管理责任，员工个人需承担行政或刑事责任。
  
• 混合责任：若单位与员工共同违规（如单位默许员工偷税），则单位与员工可能被认定为共同违法，需连带承担责任。
  

3. 处理流程建议

• 内部自查：单位应立即停止违规行为，核查违规事实（如合同、财务记录、审批文件等），评估法律风险。
  
• 主动整改：根据违规性质补办手续、退还违法所得、修复损害后果（如补缴税款、赔偿租户损失）。
  
• 配合调查：若被行政机关（如市场监管局、税务局）立案调查，需积极配合，避免抗拒执法导致处罚加重。
  
• 法律救济：若对处罚决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

4. 特殊情形提示

• 国企/事业单位违规：若涉及国有资产流失（如低价出租商铺、违规处置资产），除行政处罚外，还可能触发纪检监察程序，相关责任人可能被追责。
  
• 涉及公共安全：若违规经营危及公共安全（如商铺消防不达标、违规储存危险品），可能被责令停业整顿，甚至追究刑事责任。
  

提示：具体处理需结合违规事实、单位性质及当地法规，建议提供详细信息（如违规行为类型、单位性质、是否已被调查等），以便进一步分析。