在“一个公司上班、另一个公司发工资”的情形下，劳动关系的认定需结合实际用工管理、工资支付主体、社保缴纳情况、工作安排等多方面因素综合判断，不能仅以工资发放主体确定劳动关系归属。以下是具体分析：

1. 核心判断标准：实际用工管理关系

根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），劳动关系的认定以“实际用工”为核心，需考察以下要素：

• 工作安排与指挥：劳动者是否接受用人单位的考勤、工作分配、任务安排等管理；
• 劳动成果归属：劳动者的工作是否为用人单位的业务组成部分，劳动成果是否由用人单位享有；
• 经济从属性：劳动者是否依赖用人单位提供的工作条件、工具等完成劳动。

案例参考：
若劳动者在A公司实际工作，接受A公司的管理（如考勤、任务分配），但工资由B公司发放，此时需进一步查明A与B的关系：

• 若A与B为关联公司（如母子公司、总分机构），且B代发工资是基于内部安排，劳动关系可能仍属于A公司；
• 若B公司独立招聘、管理劳动者，仅委托A公司提供工作场所，则劳动关系可能属于B公司。

2. 工资发放主体的辅助作用

工资发放主体是判断劳动关系的重要线索，但非唯一标准：

• 代发工资情形：若B公司受A公司委托代发工资（如通过劳务派遣、财务代管），需结合其他证据（如劳动合同、社保缴纳记录）证明劳动关系归属；
• 独立用工情形：若B公司直接与劳动者签订劳动合同、缴纳社保，并实际管理劳动者，即使工作地点在A公司，劳动关系仍属于B公司。

案例参考：
某劳动者在甲公司工作，但工资由乙公司发放，社保由丙公司缴纳。法院最终结合以下证据认定劳动关系：

• 劳动者与乙公司签订了劳动合同；
• 乙公司定期向劳动者发放工资并缴纳社保；
• 劳动者的工作内容由乙公司安排。
  结论：劳动关系属于乙公司，甲公司仅为用工场所提供方。

3. 社保缴纳与劳动合同的证明力

• 社保缴纳记录：若社保由某公司缴纳，通常可推定劳动关系存在（但需排除代缴情形）；
• 劳动合同：若劳动者与某公司签订了书面劳动合同，即使工资由其他公司发放，劳动关系一般以合同为准（除非能证明合同虚假或无效）。

案例参考：
劳动者与A公司签订劳动合同，但工资由B公司发放，社保由C公司缴纳。法院认为：

• 劳动合同是劳动关系的主要证据；
• B公司代发工资、C公司代缴社保的行为未改变A公司作为用人单位的事实。
  结论：劳动关系属于A公司。

4. 特殊情形：劳务派遣或关联公司混同用工

• 劳务派遣：若劳动者与劳务派遣公司签订劳动合同，被派遣至用工单位工作，劳动关系属于派遣公司；
• 关联公司混同用工：若多家关联公司对劳动者交叉管理、混同用工，可能认定劳动者与所有关联公司存在劳动关系，或由法院根据实际管理情况择一认定。

案例参考：
劳动者在A集团旗下B公司工作，工资由C公司发放，社保由D公司缴纳。法院认为：

• A集团对劳动者进行统一管理，B、C、D公司为关联公司；
• 劳动者实际为A集团提供劳动，劳动关系应归属于A集团或其指定主体。
  结论：根据实际管理情况，认定劳动者与B公司存在劳动关系。

总结建议

1. 劳动者：若遇到此类情形，可收集以下证据证明劳动关系：
   • 劳动合同、工作证、考勤记录；
   • 工作安排通知、任务分配记录；
   • 工资发放记录、社保缴纳记录；
   • 与用人单位沟通的聊天记录、邮件等。
2. 用人单位：若需避免劳动关系争议，应明确用工主体，避免混同用工，并通过书面协议（如代发工资协议、劳务派遣协议）厘清各方权利义务。

如有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。