企业法人长期占用往来款项，属于违法行为，企业应当通过内部治理、协商、法律途径等方式解决，必要时可追究其法律责任。以下从不同角度详细分析：

一、法律定性

企业法人长期占用往来款项，可能涉及以下法律问题：

1. 违反公司法规定
   根据《公司法》第148条，董事、高级管理人员不得违反公司章程规定或未经股东会、股东大会同意，将公司资金借贷给他人或以个人名义开立账户存储。若法人代表（通常为董事长或执行董事）长期占用公司资金，可能构成挪用资金或职务侵占的违法行为。

2. 可能构成刑事犯罪

   • 挪用资金罪：若法人代表利用职务便利，将公司资金归个人使用或借贷给他人，数额较大且超过3个月未还，可能触犯《刑法》第272条。
     
   • 职务侵占罪：若法人代表以非法占有为目的，将公司财物占为己有，数额较大，可能触犯《刑法》第271条。

二、处理方式

1. 内部治理与协商

• 召开股东会或董事会：通过内部决议要求法人代表归还款项，并明确还款期限。
  
• 修改公司章程：明确资金使用规则，限制法人代表的权限，避免类似情况再次发生。
  
• 协商解决：若法人代表有合理理由（如临时周转），可要求其提供担保或签订还款协议。

2. 法律途径

• 民事诉讼：
  
  • 以公司名义起诉法人代表，要求返还占用款项及赔偿损失（如利息损失）。
    
  • 依据《民法典》第985条（不当得利返还）或第1165条（侵权责任）主张权利。
    
• 刑事控告：
  
  • 若涉嫌挪用资金或职务侵占，可向公安机关报案，由司法机关立案侦查。
    
  • 需提供证据证明法人代表的行为具有非法性、主观故意性及资金占用事实。

3. 行政监管投诉

• 向市场监管部门举报法人代表的违法行为，要求对其任职资格进行限制或撤销登记。
  
• 若涉及国有企业，可向国资委或审计部门反映问题。

三、证据收集与风险防范

1. 证据收集

   • 往来款项的转账记录、合同、发票等财务凭证。
     
   • 法人代表占用资金的书面确认（如还款协议、承诺书）。
     
   • 内部决议或会议记录，证明公司已要求其归还。
     

2. 风险防范

   • 完善公司财务制度，明确资金审批流程。
     
   • 定期审计，及时发现并纠正异常资金流动。
     
   • 对法人代表的权限进行合理限制，避免“一言堂”。

四、注意事项

1. 区分个人行为与公司行为：若法人代表以公司名义借款但用于个人用途，可能构成表见代理，公司仍需承担还款责任，但可向法人代表追偿。
   
2. 避免以暴制暴：不得通过非法手段（如扣押财产、限制人身自由）追讨款项，否则可能涉嫌违法。
   
3. 及时行动：长期占用款项可能导致证据灭失或超过诉讼时效，建议尽快处理。

若您遇到此类问题，可直接向我咨询具体操作方案，我会结合您的实际情况提供详细建议。