关于建设工程中质量不合格案件的诉讼时效规定，核心结论如下：

1. 一般诉讼时效规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，在建设工程中，如果发现质量不合格，权利人应在知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼。

2. 特殊情形下的诉讼时效：

   • 最长保护期限：虽然一般诉讼时效为三年，但根据《民法典》的相关规定，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这是诉讼时效的最长保护期限，适用于那些权利受损但长期未发现或未主张权利的情况。
   • 中断与中止：在诉讼时效期间内，如果发生法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等），诉讼时效可以中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。此外，如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效可以中止，从中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。

3. 建设工程质量不合格案件的特殊性：

   • 在建设工程领域，质量不合格可能涉及复杂的鉴定和评估过程，这可能会影响诉讼时效的起算点。例如，如果质量不合格的问题在工程竣工后一段时间内才被发现，且需要专业鉴定来确定责任方和损失程度，那么诉讼时效的起算点可能会从鉴定结论出具之日起算。
   • 另外，如果建设工程质量不合格导致人身伤害或财产损失，且该伤害或损失在工程竣工后多年才显现，那么根据《民法典》关于最长保护期限的规定，权利人仍有可能在发现伤害或损失后的三年内提起诉讼，但不得超过自权利受到损害之日起的二十年。

4. 法律建议：

   • 及时主张权利：一旦发现建设工程质量不合格，权利人应及时向义务人提出履行请求或提起诉讼，以避免诉讼时效过期。
   • 保留证据：在主张权利的过程中，权利人应保留好相关证据，如合同、鉴定报告、损失清单等，以便在诉讼中证明自己的主张。
   • 咨询专业律师：由于建设工程质量不合格案件涉及复杂的法律和技术问题，权利人在处理此类案件时应咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保护。

举例说明： 假设某建设工程在竣工后五年被发现存在质量不合格问题，且该问题导致业主遭受了财产损失。业主在发现质量问题后立即委托专业机构进行鉴定，并在鉴定结论出具后的一年内向法院提起了诉讼。在此情况下，由于业主在知道权利受到损害后及时采取了行动，且诉讼未超过最长保护期限，因此其诉讼请求应得到法院的支持。

总结： 建设工程质量不合格案件的诉讼时效规定主要遵循《中华人民共和国民法典》的相关规定，一般诉讼时效为三年，最长保护期限为二十年。在处理此类案件时，权利人应及时主张权利、保留证据，并咨询专业律师以确保自己的权益得到充分保护。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。