借资质中标后签订内部协议存在重大法律风险，且该行为本身涉嫌违法，原则上不建议签订此类协议。若已发生此类行为，任何内部协议均无法使其合法化，但可从风险防控角度对协议条款设计提出以下建议（需明确：这些建议不改变行为违法的本质）：

1. 协议性质与效力风险
   根据《招标投标法》第54条及《建筑法》第26条，借资质投标（即”挂靠”）属于法律明确禁止的行为，中标结果无效，签订的施工合同也因违反效力性强制规定而无效。此时任何内部协议（如利益分配协议、责任划分协议）均因主行为违法而无效，无法产生预期法律效果。

2. 协议条款设计要点（仅作风险隔离参考）
   若坚持签订，需注意：

   • 明确法律关系性质：在协议首部声明”双方知晓挂靠行为违法，本协议仅作为内部责任划分参考，不改变违法事实”
     
   • 资金管理条款：约定专用账户监管、工程款流向控制，避免被认定为”转包”或”出借银行账户”
     
   • 责任划分条款：明确因资质问题导致行政处罚、民事赔偿的责任承担比例（但需注意，对外仍需承担连带责任）
     
   • 退出机制：设定触发条件（如被行政查处）及单方解约权，限制损失扩大
     

3. 核心风险提示

   • 行政处罚风险：住建部门可对出借方处1-3万元罚款，对借用方处工程合同价款2%-4%罚款，并没收违法所得
     
   • 刑事风险：若造成重大安全事故，可能构成《刑法》第135条重大劳动安全事故罪
     
   • 民事赔偿风险：根据《民法典》第157条，双方需共同向发包方承担返还财产、折价补偿等责任
     

建议立即采取的补救措施：

1. 向发包方如实披露情况，协商重新签订合法施工合同
   
2. 清理挂靠关系，由具备资质的主体独立完成施工
   
3. 保留完整财务凭证，证明实际施工投入（为后续可能的赔偿纠纷准备证据）
   

如需进一步分析具体案件中的证据固定、行政处罚应对等细节，可提供项目合同、资金往来凭证等材料，我将结合《建设工程司法解释》第1条、第7条等规定出具专项法律意见。