抵押权是否有效需分情况讨论，主要取决于员工职务侵占行为是否导致抵押合同无效或可撤销，以及抵押权设立时是否符合法定形式要件。以下从不同角度展开分析：
1. 职务侵占行为对抵押合同效力的影响
- 若公司对抵押行为不知情或未追认：
根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括“行为人具有相应的民事行为能力”“意思表示真实”“不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗”。员工职务侵占公司资产并擅自抵押，属于无权处分，且可能涉嫌犯罪（如职务侵占罪）。若公司未授权或事后未追认该抵押行为，抵押合同因缺乏公司真实意思表示而无效，抵押权自始不成立。
- 若公司明知或应知抵押行为但未反对：
若公司对员工侵占资产并抵押的行为存在过错（如管理疏漏导致员工长期侵占未被发现），或事后以明示/默示方式追认抵押行为（如接受贷款资金、配合办理抵押登记等），则抵押合同可能被认定为有效，抵押权依法设立。
2. 抵押权设立的法定形式要件
- 不动产抵押：
根据《民法典》第402条，以不动产抵押的，应当办理抵押登记，抵押权自登记时设立。若员工伪造公司授权文件办理抵押登记，但登记机构未尽审查义务（如未核实授权真实性），抵押权可能因登记瑕疵被撤销，但需通过行政诉讼或异议登记程序解决。
- 动产抵押：
根据《民法典》第403条，以动产抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立；未经登记，不得对抗善意第三人。若员工侵占公司动产（如车辆、设备）并抵押，即使未办理登记，抵押权仍可能对公司有效，但无法对抗善意取得抵押物的第三人。
3. 第三人善意取得的抗辩
- 若抵押权人善意且无过错：
根据《民法典》第311条，若抵押权人（如银行）在设立抵押时不知员工无权处分，且已支付合理对价（如发放贷款）、完成法定形式（如登记），则可能构成善意取得，抵押权有效。此时公司需先向员工追偿，再通过刑事程序追赃挽损，无法直接主张抵押权无效。
- 若抵押权人明知或应知员工无权处分：
若银行在放贷时未尽审查义务（如未核实抵押物权属、员工授权文件真实性），则不构成善意取得，抵押权无效，公司可主张撤销抵押登记并追回资产。
4. 刑事程序对抵押权效力的影响
- 若员工被认定职务侵占罪：
根据《刑法》第271条，员工侵占公司资产可能面临刑事处罚。但刑事判决不影响抵押权的民事效力，公司仍需通过民事程序主张抵押权无效或撤销。若抵押物被认定为赃物，根据《刑法》第64条，应优先返还公司，抵押权人可能因无法实现债权而遭受损失。
法律建议
- 公司应立即采取的措施：
- 报警追究员工刑事责任，固定职务侵占证据；
- 向抵押权人发出书面异议，说明抵押行为未经授权；
- 申请法院查封抵押物，防止资产转移。
- 抵押权人应审查的内容：
- 核实抵押物权属证明（如房产证、车辆登记证）；
- 要求公司出具授权文件（如董事会决议、公章使用记录）；
- 通过企业信用信息公示系统查询公司经营状态。
若您需进一步分析具体案情（如抵押物类型、银行审查义务履行情况等），可直接向我咨询，我将结合证据材料提供针对性方案。