针对公司对长期旷工员工的处理问题，核心结论是：公司需依据内部规章制度、劳动合同及法律法规，通过合法程序对长期旷工员工进行处理，通常包括警告、解除劳动合同等措施，但需确保程序合法、证据充分，避免违法解除的风险。以下是具体分析：

1. 依据内部规章制度处理

• 制度依据：公司应制定明确的《员工手册》或《考勤管理制度》，规定旷工的定义（如连续旷工X天或累计旷工X天）、处理流程（如警告、记过、解除劳动合同）及后果。
• 合法性要求：制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、公示或告知员工（如签字确认），否则可能因程序违法被认定无效。
• 操作建议：公司应保留员工旷工的证据（如考勤记录、请假记录、催岗通知等），并按照制度逐步处理（如先发出书面警告，再解除合同）。

2. 依据劳动合同处理

• 合同约定：若劳动合同中明确约定了旷工的处理方式（如“连续旷工3天，公司有权解除合同”），公司可依据合同执行。
• 注意点：合同条款不得违反法律法规强制性规定（如《劳动合同法》第39条），否则可能被认定无效。

3. 依据法律法规处理

• 法定解除情形：根据《劳动合同法》第39条，员工“严重违反用人单位的规章制度”的，公司可解除劳动合同且无需支付经济补偿。长期旷工通常属于“严重违反规章制度”。
• 程序要求：公司需履行以下程序：
  1. 证明员工存在旷工事实（如考勤记录、请假记录）；
  2. 证明规章制度已告知员工（如签字确认）；
  3. 解除合同前通知工会（如有）；
  4. 向员工送达解除通知（如书面、邮件、短信）。
• 违法解除风险：若公司未履行上述程序或证据不足，可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）。

4. 特殊情形处理

• 医疗期旷工：若员工处于医疗期，公司不得以旷工为由解除合同，否则可能构成违法解除。
• 工伤旷工：同理，工伤员工在停工留薪期内，公司不得解除合同。
• 三期女职工：孕期、产期、哺乳期女职工旷工，公司需谨慎处理，避免因解除合同引发纠纷。

5. 操作建议

• 完善制度：确保考勤制度、请假制度、解除合同流程合法合规。
• 留存证据：保存员工旷工的原始记录（如打卡记录、请假单）、催岗通知、解除通知等。
• 合法送达：解除通知需送达员工本人，若员工拒收，可通过邮寄、公告等方式送达。
• 咨询专业律师：若涉及复杂情形（如医疗期、工伤、三期女职工），建议提前咨询律师，避免法律风险。

总结：公司对长期旷工员工的处理需以制度为依据、合同为补充、法律为底线，通过合法程序解除合同，并保留充分证据，以降低违法解除的风险。如有具体问题，可直接向我咨询。