企业以邀请吃饭名义违规收取1000元，需根据具体情形分情况处理，以下是详细分析：

1. 若该费用属于变相受贿或商业贿赂
   根据《反不正当竞争法》第七条及《刑法》第一百六十四条，若企业以“邀请吃饭”为名向合作方、客户或公职人员索要、收受财物（包括现金、礼品、消费卡等），可能构成商业贿赂或行贿罪。

   • 处理方式：
     
     • 立即退还违规收取的1000元，并保留转账记录、沟通记录等证据；
       
     • 若涉及公职人员，需向纪检监察机关主动说明情况；
       
     • 若涉及商业合作，需重新签订合规协议，明确双方权利义务，避免后续纠纷。
       

2. 若该费用属于内部财务管理违规
   若企业以“邀请吃饭”为名虚构支出、套取资金（如将个人消费伪装成业务招待费），可能违反《会计法》第十四条及《企业所得税法》第八条，涉及虚开发票、偷逃税款等违法行为。

   • 处理方式：
     
     • 纠正财务记录，将1000元调整至正确科目（如员工福利费、个人借款等）；
       
     • 补缴相关税款及滞纳金（若涉及税务问题）；
       
     • 完善内部审批流程，明确业务招待费标准及报销要求。
       

3. 若该费用属于员工个人行为
   若员工私自以企业名义邀请他人吃饭并收取费用，可能构成职务侵占或诈骗（视对方是否知情）。

   • 处理方式：
     
     • 要求员工退还1000元，并由企业向受害人道歉；
       
     • 若员工拒不退还，企业可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同，并追究其民事赔偿责任；
       
     • 若涉及金额较大或情节严重，可向公安机关报案。
       

建议：无论哪种情形，企业均需第一时间固定证据（如聊天记录、转账凭证、发票等），并评估是否需向监管部门报告。若涉及刑事风险，建议委托律师介入处理，以降低法律后果。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。