核心结论：在“小电驴（电动自行车）与小轿车相撞，小电驴负主责，保险公司仅赔1000元”的情况下，赔偿需分步骤处理，具体如下：

1. 责任比例与赔偿原则

根据《道路交通安全法》及司法实践，主次责任通常按7:3或8:2划分（具体以交警《事故责任认定书》为准）。若小电驴负主责（假设70%），则需承担小轿车损失的70%，同时小轿车承担小电驴损失的30%。
关键点：

• 若小电驴属于非机动车（时速≤25km/h），无需强制购买交强险，赔偿由个人承担；
  
• 若小电驴被鉴定为机动车（如超标电动车），则需按机动车规则处理，需投保交强险，未投保时，车主需在交强险限额内（财产损失2000元）先行赔偿，超出部分再按责任比例分担。

2. 保险公司仅赔1000元的可能原因

• 交强险限额：若小轿车投保了交强险，其财产损失赔偿限额为2000元。若小电驴损失≤2000元，保险公司应全额赔偿；若超出，仅赔2000元。但您提到“只赔1000元”，可能是：
  
  • 小电驴损失未达2000元，或保险公司认定部分损失非事故导致；
    
  • 小轿车未投保交强险（违法），此时保险公司不赔，赔偿由车主个人承担。
    
• 商业险免赔：若小轿车投保了商业三者险，但存在免赔情形（如酒驾、无证驾驶等），保险公司可能拒赔或部分赔偿。

3. 具体赔偿步骤

情况一：小电驴为非机动车

• 小电驴损失：由小轿车在交强险内先赔2000元（若投保），超出部分小电驴自负70%，小轿车赔30%；
  
• 小轿车损失：由小电驴车主按70%比例赔偿（无交强险兜底）。
  示例：小电驴损失3000元，小轿车损失5000元。
  
• 小轿车交强险赔小电驴2000元，剩余1000元小电驴自负700元，小轿车赔300元；
  
• 小电驴赔小轿车5000×70%=3500元。

情况二：小电驴为机动车（未投保交强险）

• 小电驴损失：小电驴车主先在交强险限额内赔自己2000元（理论上的“自赔”），超出部分按责任比例分担（但实践中非机动车无法自赔，需由对方交强险赔）；
  
• 小轿车损失：小电驴车主需先在交强险财产限额内赔2000元，超出部分按70%赔偿。
  示例：同上损失。
  
• 小电驴车主赔小轿车2000元（交强险替代）+（5000-2000）×70%=4100元；
  
• 小轿车交强险赔小电驴2000元（若投保），剩余1000元按责任分担（但小电驴未投保交强险，可能面临行政处罚）。

4. 保险公司仅赔1000元的应对建议

• 核实保险类型：确认小轿车投保的是交强险还是商业险，以及小电驴是否被认定为机动车；
  
• 审查损失认定：要求保险公司提供定损清单，核对赔偿项目是否合理（如维修费、医疗费等）；
  
• 协商或诉讼：若对赔偿金额有异议，可向交警部门申请调解，或直接向法院起诉，要求按实际损失和责任比例赔偿。

总结：赔偿金额需结合责任比例、保险类型、车辆性质综合计算。若对保险公司赔偿有疑问，建议提供《事故责任认定书》、保险单、损失凭证等材料，进一步分析具体方案。如有其他细节需补充，可随时向我咨询。