拖欠运费被起诉后完全可以协商还款，这是解决纠纷的常见且有效的方式。以下是具体分析和操作建议：

一、协商还款的法律依据与可行性

根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务的，应当承担继续履行、赔偿损失等违约责任。但法律并未禁止双方在诉讼中或诉讼前通过协商达成和解，反而鼓励通过和解、调解等方式解决纠纷（《民事诉讼法》第九十六条）。因此，只要双方达成一致，原告可以撤诉或法院可依据和解协议出具调解书，这既能减少你的诉讼成本，也能避免信用受损。

二、协商还款的具体操作步骤

1. 主动联系原告或其律师
   收到起诉材料后，第一时间通过电话、邮件或书面函件联系对方，表达协商意愿。注意保留沟通记录（如录音、聊天记录），避免对方否认协商事实。

2. 提出可行的还款方案

   • 分期还款：若一次性支付困难，可提出分期计划（如分3-6期），并明确每期金额、支付时间及违约责任（如逾期加收利息）。
     
   • 减免部分费用：若因特殊原因（如疫情、经营困难）导致拖欠，可尝试协商减免部分违约金或利息，但需提供证明材料（如财务报表、医疗证明等）。
     
   • 以物抵债：若手头有可变现资产（如货物、设备），可提议折价抵偿运费，但需双方对资产价值达成一致。

3. 签订书面和解协议
   协商一致后，务必签订书面协议，明确还款金额、方式、期限及违约后果（如原告有权恢复诉讼并主张额外赔偿）。协议需双方签字盖章，最好由律师审核以避免漏洞。

4. 履行协议并留存证据
   按协议约定还款，每次支付后要求对方出具收据或确认函。若通过银行转账，备注“运费还款”并保留凭证；若现金支付，建议通过第三方见证（如公证处）。

三、协商还款的注意事项

1. 避免“口头协议”
   未签订书面协议的情况下，对方可能反悔并继续推进诉讼，导致你陷入被动。

2. 评估自身还款能力
   提出的方案需切实可行，避免因再次违约被对方主张更高赔偿（如按原合同约定支付逾期利息或违约金）。

3. 关注诉讼时效与程序

   • 若协商期间诉讼时效届满，对方可能丧失胜诉权，但需以书面形式明确“协商期间不计入时效”。
     
   • 若法院已立案，可申请“诉中调解”，由法院主持协商并出具调解书，具有强制执行力。

四、若协商失败怎么办？

若对方拒绝协商或协商无果，需积极应诉：

1. 提交答辩状：说明拖欠原因（如货物质量问题、对方未开具发票等），争取减免责任。
   
2. 参与庭审：提供证据（如运输合同、对账单、沟通记录）证明己方主张。
   
3. 申请调解或判决后和解：即使庭审中未达成一致，判决后仍可与对方协商还款，此时对方可能因执行成本高而接受分期方案。

总结：协商还款是解决运费纠纷的首选方式，但需注意合法性、可行性和证据留存。若需进一步帮助（如起草和解协议、分析诉讼风险），可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细方案。